前言说明： Mothur命令教程从这个页面http://www.mothur.org/wiki/Category:Commands上查阅的所有命令，根据个人理解翻译了一下。大家使用的时候使用Ctrl+...

基迪奥生物第一届生物信息分析培训课 课程名称:RNA-seq分析以及绘图入门 授课背景: （1）不知道如何解读数据； （2）学习最基础的数据编辑和绘图，从而能自主筛选、整理分析结果； （3）对生物信息...

人工智能很大程度上是对未知输入的分类判别， 聚类是一种将数据点按一定规则分群的机器学习技术。 这里介绍5种常见的聚类方法： ▌K-均值聚类 k均值聚类是最著名的划分聚类算法，由于简洁和效率使得他成为所...

当我们进入大数据时代之后，并行运算就十分重要了。什么是大数据呢？引用一句流行语吧： Big data is hype. Everybody talks about big data; nobody k...

首先，在开始之前我觉得有必要稍微科普缓冲一下，以便不使得不熟悉生物信息或基因组的客官们疑惑。 1.基因组：每个人都有一个基因组，这里的“基因组”并不只是“基因”的集合，基因是控制性状的遗传单元（什么是...

Permutation test，也称置换检验，随机化检验或重随机化检验，是大牛Fisher首次提出的。由于Permutation test检验计算量大而限制了其应用和推广，以致不为人熟知。现在由于计...

1. MAFFT 简介 最经典和广为熟知的多序列比对软件是 clustalw 。 但是现有的多序列比对软件较多，有文献报道：比对速度（Muscle>MAFFT>ClustalW>T-...

考虑这样一个问题，“如果要保证基因组上95%的区域其覆盖深度在30x以上的话，那么最低的平均测序深度应该是多少？”。 关于测序量的估计，对于做生物信息的人来讲应算是家常便饭了，多数时候我们都能直接根据...

前言：首先，这一篇博文中的内容并非原创，而是对多篇文献中内容的直接摘录，有些图片和资料还来自身边的同事（在此深表谢意！），再夹杂自己的零星想法，写在这里分享与大家，同时也是为了方便自己日后若有需要能够...

作者：孙学军，原文：http://blog.sciencenet.cn/blog-41174-773566.html Brian Dias去年10月作了父亲，和许多新父母一样，孩子出生前他就开始考虑要...