首先说说GATK可以做什么。它主要用于从sequencing 数据中进行variant calling，包括SNP、INDEL。比如现在风行的exome sequencing找variant，一般通过...
陈连福的NGS生物信息学培训教材V2.1
序： 我是陈连福。于2005进入华中农业大学，开始进入生物学大门。至今（2014年）在生物信息学的NGS分析领域有了一点建树，对NGS分析有了一些摸索和经验。 有感于NGS生物信息分析入门艰难，精通更...
Sanger测序原理
毛细管电泳原理：
Pyrosequencing测序原理视频
每个dNTP被聚合酶加到DNA链上时，都会放一个焦磷酸分子 焦磷酸可以被焦磷酸酶降解成一个ATP和一个AMP 荧火虫酶能够把ATP再水解，同时发出一个荧光光子 测序时，把4个dNTP轮番加入反应体系中...
用R语言绘制韦恩图
R中提供了多个可用于绘制韦恩图的软件包，本文主要是介绍的是VennDiagram包。 安装VennDiagram包： install.packages("VennDiagram") 首先加载相应的软件...
linux下用Aspera从NCBI上下载SRA格式宏基因组数据
1、首先安装Aspera 参考《使用Aspera从EBI或NCBI下载基因组数据》，保证该软件在服务器上已经可用。 测试代码，注意最后有个点，代表下载到当前目录下： ascp -i /your-p...
Figtree可视化进化树文件
下载软件 http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/ 我们这里就在window平台下使用，所以直接下载zip包即可，解压即可使用 准备数据 我这...
从RNA-seq结果到差异表达
翻译自：From RNA-seq reads to differential expression, Oshlack et al. Genome Biology 2010, 11:220 高通量测序技...
拷贝数变异检测芯片介绍
这里的拷贝数变异检测芯片指的是Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 6.0 cel数据，需要处理成segment及genotype数据 这个芯片在TCGA计划里...
基因组数据库-一个物种的官网
基因组数据库相当于一个物种的官网，关心该物种的科学家可以通过访问网站了解物种信息、科研进展、做blast等简单分析、下载基因组数据，基因组数据库最核心的模块是基因组浏览器，可以可视化查看基因结构、变异...