1. rfam 简介 Rfam 是一个数据库,用于鉴定 non-coding RNAs。 其官网:http://rfam.sanger.ac.uk。 其参考文献:Rfam 11.0: 10 years...
交叉验证(Cross-validation)
交叉验证是一种用来评价一个统计分析的结果是否可以推广到一个独立的数据集上的技术。主要用于预测,即,想要估计一个预测模型的实际应用中的准确度。它是一种统计学上将数据样本切割成较小子集的实用方法。于是可以...
单细胞RNA综述的评述:细胞和基因质控参数的选择
原文链接: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6072887 摘要 单细胞RNA测序技术的发展加深了我们对于细胞作为功能单元的理解,不仅能基于成...
ggplot2作图详解7:主题(theme)设置
凡是和数据无关的图形设置内容理论上都可以归 主题类 但考虑到一些内容(如 坐标轴 )的特殊性,可以允许例外的情况。主题的设置相当繁琐,很容易就占用了大量的作图时间,应尽量把这些东西简化,把注意力主要放...
ggplot2作图详解6:标尺(scale)设置
标尺是ggplot2作图必需的元素,在《映射》一节提到了它的概念并简单进行了设置。在数据分析阶段,为避免陷入数据无关的垃圾坑,我们只需要设置映射,ggplot2自动配置合适的标尺并产生坐标和图例。这是...
ggplot2作图详解5:图层语法和图形组合
图层设置是ggplot2做图的关键。通过查看ggplot图形对象的数据结构我们了解到一个图层至少包含几何类型、统计类型和位置调整三方面的东西,当然数据和映射得首先建立。如果把ggplot2当成是太极,...
ggplot2作图详解4:分面(faceting)
“facet”一词这里翻译为“分面”,不知道是否准确,可以斟酌。虽然我们前面说过ggplot2分面最终的效果是一页多图,但跟通常所说的在“一个页面中绘制多个图形”还是有区别的。ggplot2仅仅体现的...
ggplot2作图详解3:映射(mapping)
作图前的数据准备工作不仅仅指原始数据的收集,还包括数据外观的整理,这些工作对后续的作图无疑十分重要。和其他作图方法相比,ggplot2的优点之一就是把数据整理融合到了作图过程中,替用户分担了数据整型的...
ggplot2作图详解2:ggplot图形对象
前面我们使用qplot函数对ggplot2做图的方法进行了初步的了解,并比较了qplot和plot函数的用法。从最终得到的结果(图形)来看,除了外观不同外好像qplot函数和plot函数并没有什么本质...
PASA的安装与使用
1. PASA简介 PASA, acronym for Program to Assemble Spliced Alignments, is a eukaryotic genome annotatio...