1 Rle（Run Length Encoding，行程编码） 1.1 Rle类和Rle对象 序列或基因最终要定位到染色体上。序列往往数量非常巨大，但染色体数量很少，如果每条序列的染色体定位都显式标注...
利用phylip构建进化树详解
构建进化树可以用DNA序列，也可以用protein序列。本文就如何利用蛋白序列进行进化树的构建步骤进行详细解析： 一、利用phylip进行蛋白序列进化树分析步骤 1. 运行Clustalw，得到pro...
R/BioC序列处理之四：BSgenome简介
一、BSgenome和BSgenome数据包 Bioconductor提供了某些物种的全基因组序列数据包，这些数据包是基于Biostrings构建的，称为BSgenome数据包。不同物种的BSgeno...
AMOS的安装和使用
AMOS是最早的比较基因组组装软件，AMOS的安装需要先安装MUMer和Qt。 $ wget http://jaist.dl.sourceforge.net/project/mummer/mummer...
samtools常用命令详解
samtools的说明文档：http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以...
Trinity的安装与使用
一、 Trinity简介 Trinity，是由 the Broad Institute 开发的转录组de novo组装软件，由三个独立的软件模块组成： Inchworm,Chrysalis和Butte...
COBALT:NCBI在线蛋白多序列比对
COBALT is a multiple sequence alignment tool that finds a collection of pairwise constraints derived...
使用TopHat分析RNA-Seq结果
TopHat是一个基于Bowtie的RNA-Seq数据分析工具。它可以快速确认exon-exon剪切拼接事件。TopHat有Linux和OS X x86_64编译版本，当然也可以使用原代码编译适合自己...
GO/KEGG富集分析enrichment analysis
本教程使用GOstats来对给定的基因symbols做富集分析。 [code lang="R"] > library("org.Hs.eg.db") > library...
MACS(Model-based Analysis of ChIP-Seq)使用说明
在使用Bowtie比对于完Chip-Seq的结果后，就需要用到MACS或者ERANGE来找出峰所在的位置了。但是由于ERANGE的设置比较复杂，所以最为流行的还是MACS。 我们首先来了解一下MACS...