了解数据的分类和数据结构对于生物专业的学生来说是很枯燥的。但数据又是最基本的东西，没有数据，只能玩干瞪眼。怕枯燥的，这部分先粗略的看一遍，以后需要了再回来查询。 R语言是面向对象的。面向对象的理论一两...

ggplot2的功能不用我们做广告，因为它的作者Hadley Wickham就说ggplot2是一个强大的作图工具，它可以让你不受现有图形类型的限制，创造出任何有助于解决你所遇到问题的图形。一点也不谦...

汇总、透视、提炼、凝炼，对数据处理来说这些词的意思都差不多，R语言提供了很多函数处理这些事情，还有一些软件包也提供了非常方便的数据汇总功能，方法 不胜枚举。summary是获取数据概要最常用的函数，应...

DESeq2和EdgeR都可用于做基因差异表达分析，主要也是用于RNA-Seq数据，同样也可以处理类似的ChIP-Seq,shRNA以及质谱数据。 这两个都属于R包，其相同点在于都是对count da...

当克隆得到一个基因后，就需要对基因信息向NCBI提交，获得一个登录号，以后写文章就可以直接引用登录号，而不需要在文章中列出序列信息，这里主要介绍比较常见的提交DNA和cDNA信息。 1、打开NCBI的...

如果有一段序列，想找到其上下游基因，方法很多，发现用UCSC比较直观明了。 以下面这段人源序列为例，首先打开UCSC 的Blat界面，选择基因组为“Human”，版本选择最新的“Fed.2009(GR...

splign是NCBI中一个比对cDNA和genome的一个工具，通过splign可以很方便的找到cDNA各个外显子。Windows下安装非常简单，下载后就可以直接用了，但linux版本下运行需要一些...

在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔，从左到右分别是： 1 序列的名字 2 概括出一个合适的标记，各个数字分别代表 1  序列是一对序列中的一个 2  比对结果是一个pair-end比...

经常看到一些饼图，描述某些事物的组成，比如说有钱人的学历分布，然后我们可以看到高学历所占比例并不高，根据这个比例下结论通常是错的，这些比例说明不了问题，如果把各种学历在总体人口中的分布做为背景进行考虑...

现有的基因芯片种类不要太多了！ 但是重要而且常用的芯片并不多！ 一般分析芯片数据都需要把探针的ID切换成基因的ID，我一般喜欢用基因的entrez ID。一般有三种方法可以得到芯片探针与gene的对应...