如今学习应用数据可视化的渠道有很多,你可以跟踪一些专家博客,但更重要的一点是实践/实操,你必须对目前可用的数据可视化工具有个大致了解。以下是Netmagzine列举的二十大数据可视化工具...
10x 单细胞空间转录组 summary 网页报告解读
一般我们拿到 10x 空间转录组数据分析的结果最先看的肯定是 web_summary 网页报告,因为从这个结果里面我们大概就能判断你的数据好不好,不好的问题在哪里,数据到底能不能用等等。这里来详细介绍...
对应不同版本基因名称
在做生物信息分析的时候经常会遇到一种尴尬的问题就是不同来源或者版本的注释文件里面,基因名称不一致。譬如P53,其实它的标准名称为TP53。CXCR4的曾用名有一堆,CD184, D2S201E, FB...
Ensembl数据库在线网页工具biomart简单教程
这个工具主要是针对不会bioperl不会API调取数据的生信纯菜鸟准备的,主要是方便大家批量研究某些感兴趣的基因,需要准备的数据就是基因名或者基因的ID号,能从该网站获取的资料非常多,可以是关于你的输...
下载最新版的KEGG信息
打开官网:http://www.genome.jp/kegg-bin/get_htext?hsa00001%203101 http://www.genome.jp/kegg-bin/get_htext...
下载所有的酶的信息
之前我提到过kegg数据库里面的有些pathway下面没有对应任何基因,当时我还在奇怪,怎么会有这样的通路呢? 然后,我随机挑选了其中一条通路(hsa01000),进行查看,发现正好是所有的酶的信息。...
Trinity进行转录组组装的使用说明
一:下载安装该软件 去官网下载trinity并解压安装 http://trinityrnaseq.github.io/ 安装非常简单,一个make即可 这个软件比较大,约150M。所以安装需要一会...
卡方检验概述
前言、什么是卡方检验 卡方检验是一种用途很广的计数资料的假设检验方法。它属于非参数检验的范畴,主要是比较两个及两个以上样本率( 构成比)以及两个分类变量的关联性分析。其根本思想就是在于比较理论频数和实...
SPSS实用教程:二元Logistic回归
SPSS实用教程:二元Logistic回归: 模型数据,拟研究APACHE2评分与ICU预后的关系,需要校正一些变量,其中血小板计数,红细胞压积,SOFA评分以及APACHE2为定量变量。 菜单选...
肿瘤变异数据分析和可视化工具maftools: CNV的可视化
Maftools系列文章: 《maftools使用方法总结以及常见问题》 《肿瘤变异数据分析和可视化工具maftools:安装和文件格式要求》 《肿瘤变异数据分析和可视化工具maftools:突变数据...