上期我们讨论了检验统计量编辑让补充的统计量到底是什么呀,大家还记得两独立样本 Mann-Whitney U 检验的检验统计量是什么吗? 首先是新版本的结果,这个倒是看不出什么。 双击之后,可看...
RNA-Seq分析新工具
利用RNA-Seq技术来分析转录组现在是一种很普遍的方法,在我读PhD期间分析过细菌的转录组数据。做差异表达分析的基本流程是:做质量控制->利用bwa map reads到基因组上->计算...
lmod配置教程
这个教程演示了如何创建一个 lmod 模块文件,将新安装的软件添加到环境中,并处理依赖关系。 模块文件内容 -- example_module.lua -- 定义模块信息 local moduleNa...
你校正的混杂因素(Confounder)正确吗?
当我们希望获得研究因素与研究疾病(事件)之间真实关系时,最主要的考虑是校正混杂因素,因为混杂因素的影响,会掩盖或夸大两者之间的真正联系。那我们只考虑校正混杂因素就够了吗?其实,我们还需要避免造成选择偏...
Bland-Altman法:连续性指标的一致性评价
(一)前戏 这几天,连续碰到多人咨询了两个同样的问题,这两个都是非常有意思的话题: 如何比较两个模型的预测效果?ROC的AUC值比较?IDI、NRI如何计算? 如何做危险因素评分预测模型?怎样将回...
基因组浏览器-可视化软件Integrative Genomic Viewer(IGV)
你会用到的网站: IGV 官网http://software.broadinstitute.org/software/igv/download~ Broadinstitute出品 Java versi...
基于R绘制竞争风险模型列线图
题记:我们在以前的文章中介绍了竞争风险模型的R语言实现,今天我们与各位朋友分享如何基于竞争风险模型绘制列线图,以飨读者。 1. 背景知识 在观察某事件是否发生时,如果该事件被其他事件阻碍,即存在所谓“...
SPSS:对数据进行Ln对数转换过程
正态性检验很重要,但是我的数据就是不服从正态分布怎么办呢?这个问题统计学专家在很久之前已经发现并提出了行之有效的方法。比如,我们可以采用非参数检验。如用于两组独立样本的Mann-Whitney U t...
怎样预测Hi-C测序数据量
细胞核内的染色质构像一般分以下几个层级 Chromosome Territories Compartment A/B Topologically Associating Domains (TADs) ...
OR(比值比)和RR(相对危险度)的的区别与联系
最近,有小伙伴咨询小编,病例对照研究是不是只能计算OR,而队列研究就是计算RR?虽然在平时文献阅读中,我们经常会看见OR和RR值,但是到了自己统计分析时,可能会出现无法准确运用的情况。今天,我带大家再...