最近，小编被小伙伴吐槽我是个以不变应万变的人儿，因为，不管她问怎么估算样本量，还是问用什么统计方法，我都会问她：请问您的变量是什么类型呢?连续变量?分类变量?离散变量?正在看文章的您是否也被这样问过呢...

对于有序分类变量的一致性检验，应该使用weighted kappa(加权kappa)系数。 一、问题与数据 某医院拟分析不同放射科医生对疾病严重程度诊断的一致性。现招募两位放射医生分别判断50位受试者...

在样本量的估算过程中我们经常会使用到Ⅰ类和Ⅱ类错误，Ⅰ类错误的取值往往是0.05，Ⅱ类错误的取值往往是0.1或者0.2。那么Ⅰ类和Ⅱ类错误分别代表什么意思呢?又是如果出现在了样本量的计算公式中的呢?本...

阳春三月，草长莺飞，是踏春的好日子，大家看到我们的标题图是不是如同看到了一朵美丽的花儿呢?但仔细看看此“花”非彼花，这花瓣里面怎么还藏了那么多数字呢?是的，这朵“花”其实是一类统计图，叫韦恩图(Ven...

科研工作者在发表paper的时候，如果文章中涉及高通量测序数据分析，就需要提前向NCBI上传数据获得登录号。然而，如何向NCBI提交这些序列？今天就来介绍一种重要的NCBI数据库GEO，它可用于存储测...

下载完原始数据，比对以及构建DESeqDataSet对象等一系列使用前准备完成后，我们便可以使用DESeq2进行后续的差异表达分析了。由于DESeq2的原理和内部的处理方法非常复杂，因此本文暂时不涉及...

本来是想出一期使用Monocle3进行单细胞RNA-seq数据分析的教程的，可是Monocle3我死活都装不上，不是依赖报错就是GitHub报错，所以无可奈何只能暂时先使用Monocle2，等后面Mo...

由于最近的课题需要使用单细胞数据，因此开始学习单细胞的一系列分析方法和流程，这里就记录一下使用seurat进行单细胞RNA-seq聚类分析的流程，包括一些降维的知识，函数的调用等等。降维算是一件不大不...

在分析scRNA-seq数据之前，我们必须确保所有细胞barcode均与活细胞相对应。通常基于三个QC协变量执行细胞QC（Quality control）： 每个barcode的数量 每个barcod...

单细胞转录组、蛋白组、表观组学等单细胞技术的发展为研究细胞周期、细胞分化等细胞动态过程提供了新的机会。使用轨迹推断（TI，trajectory inference）的方法可以根据测序的细胞之间表达模式...