理解ChIP-Seq 到了目前这个水平，我学习新的高通量数据分析流程时已经不再考虑代码应该如何写的问题了。我更多要去考虑一个技术的目的和意义。 转录组主要研究的问题是基因在不同情况下的差异表达以及RN...
几种常见的预测模型
几种常见的预测模型1.趋势外推预测方法 趋势外推预测方法是根据事物的历史和现实数据，寻求事物随时间推移而发展变化的规律，从而推测其未来状况的一种常用的预测方法。 趋势外推法的假设条件是： (1)假设事...
查找某个基因上面的snp位点
进入网页 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/ 其实就是http://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp 这个网页 可以看到这个基因上面发表...
利用SPSS绘制诊断研究ROC曲线
ROC曲线是诊断性研究必不可少的工具。可以画ROC曲线的工具很多。而我们最常用的SPSS却不是最佳的画ROC曲线的工具，最近有粉丝问我们怎么使用SPSS 画ROC曲线，小编在这里就上一个“栗子”。 我...
UMI去重强行MarkDuplicates
使用fastp+gencore的去重流程以及fgbio流程均是默认把dups删除，而不是类似picard MarkDuplicates以及sambamba那样把dups标记到flags值中。不过应该可...
Pytorch在训练时冻结某些层使其不参与训练
我们知道，深度学习网络中的参数是通过计算梯度，在反向传播进行更新的，从而能得到一个优秀的参数，但是有的时候，我们想固定其中的某些层的参数不参与反向传播。比如说，进行微调时，我们想固定已经加载预训练模型...
SPSS:单样本非参数检验
我们知道最常见的t检验、方差分析一般都需要满足一些条件，当条件无法满足时，一般建议改用非参数检验。好多小伙伴表示对非参数检验非常不熟，今天，我们就来学习下怎么做单样本非参数检验。 比如，单样本连续变量...
让我们把三角恋扯清楚：交互作用VS中介效应
临床研究中，有几个经典的“三角恋”，总是让人感到迷惑。前几天写了其中关于中介效应的介绍，有些朋友看完，觉得似乎理解了，但是还有些晕乎。还有的朋友问到，交互作用和中介效应都是在因果关系中搅浑水的，那这两...
WGCNA加权基因共表达网络分析
序章 这个工具现在很火，高分文章用到很多。 加权基因共表达网络分析(WGCNA，Weighted gene co-expression network analysis) WGCNA能够从复杂数据中（...
单细胞分析之NMF(非负矩阵分解)
NMF算法简介 NMF是什么？ 非负矩阵分解(Non-negative Matrix Factorization, NMF)本质上说是一种矩阵分解的方法，对于任意给定的一个非负矩阵V，NMF算法能够寻...