这一篇文章中主要是使用David进行GO分析的数据处理流程和简单的代码,具体GO分析的原理就不再涉及。 导出基因列表 #基因列表的导出 gene_cluster <- rownames(as.m...
R语言的重复行名处理
R语言在处理和分析数据上有其独有的优势,但也有一些让人一言难尽的智障操作,比如下面想讲的R语言中表格(矩阵)行名重复的处理。事情的起因是这样的,我最近在帮另一个研究组处理一些RNA-seq的数据,他们...
深入卷积神经网络背后的数学原理
【导读】在计算机神经视觉技术的发展过程中,卷积神经网络成为了其中的重要组成部分,本文对卷积神经网络的数学原理进行了介绍。 文章包括四个主要内容:卷积、卷积层、池化层以及卷积神经网络中的反向传播原理。在...
FPKM/RPKM之外的那些标准化方法
目录 1. 标准化 1.1. House-keeping gene(s) 1.2. spike-in 1.3. CPM 1.4. TCS 1.5. Quantile 1.6. Median of Ra...
使用SignalP对蛋白序列进行信号肽预测
1. 信号肽简介 信号肽是蛋白质N-末端一段编码长度为5-30的疏水性氨基酸序列,用于引导新合成蛋白质向通路转移的短肽链。信号肽存在于分泌蛋白、跨膜蛋白和真核生物细胞器内的蛋白中。 信号肽指引蛋白质转...