最近小编和别人合作的论文收到了审稿意见,编辑提出:please add a column of data showing, for each outcome, the betweengroup dif...
如何在观测数据下进行因果效应评估
1. 因果性与相关性 1.1 什么是因果 什么是因果呢?“因”其实就是引起某种现象发生的原因,而“果”就是某种现象发生后产生的结果。因果问题在我们日常生活中十分常见。 首先在医疗方面。比...
Windows计算md5值
要在Windows下计算目录及其子目录下所有文件的MD5值,你可以使用PowerShell脚本来实现。以下是一个示例脚本: # 导入System.Security.Cryptography命名空间 A...
假设检验时p值<0.05就能做预测吗?
近来很多过来咨询的医生在做完某指标的假设检验后,想用这个指标去做预测,例如病例组的血压(155±10mmHg)与对照组的血压(110±10mmHg)差异有统计学意义,就想用血压去预测是否发病,但往往预...
生存分析样本量的考虑
前段时间,小编写了一篇关于终点指标的选择与样本量计算的微信文章,后来有不少小伙伴留言表示对于生存分析(时依性变量为终点指标)的样本量计算很感兴趣。正好最近听了北大临床研究所统计部主任阎小妍博士讲生存分...
如何用Graphpad Prism 8制作箱型图
箱形图(Box-plot),又称盒须图、盒式图或箱线图,因形状如箱子而得名,是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图(如下图)。 它提供了一种只用 5 个点就对数据集做简单总结的方式,这 5 点为最...
Snp-calling流程(BWA+SAMTOOLS+BCFTOOLS)
比对可以选择BWA或者bowtie,测序数据可以是单端也可以是双端,我这里简单讲一个,但是脚本都列出来了。而且我选择的是bowtie比对,然后单端数据。 首先进入hg19的目录,对它进行两个索引 sa...
SRA工具sratoolkit把原始测序数据转为fastq格式
一,下载该软件 wget http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz ta...
NCBI的taxid简单介绍
物种的信息集合都在它的NCBI的taxid号里面,在NCBI里面关于它的英文介绍地址如下 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/taxonomy/ ,NCBI人为的给自然...
基因组组装软件SOAPdenovo安装使用
一.下载并安装这个软件 下载地址进下面,但是下载源码安装总是很困难,我直接下载bin文件可执行程序。 解压进入目录 首先make 然后make install即可 安装总是失败,我也不知道怎么回事,懒...