一:下载安装该软件 wget http://sourceforge.net/projects/rseqc/files/RSeQC-2.5.tar.gz/download tar zxvf RSeQC....
GO和KEGG富集的R包clusterProfiler
一:下载安装该R包 clusterProfiler是业界很出名的YGC写的R包,非常通俗易懂,也很好用,可以直接根据cuffdiff等找差异的软件找出的差异基因entrez ID号直接做好富集的所有内...
GO通路富集-WEGO网站使用
一,所谓的网站,其实就是一个网页版的可视化软件接口而已 看看网站主页,看看它需要什么数据 http://wego.genomics.org.cn/cgi-bin/wego/index.pl 二,所需要...
转录组-TransDecoder-对trinity结果进行注释
一:下载安装该软件 下载安装该软件: wget https://codeload.github.com/TransDecoder/TransDecoder/tar.gz/2.0.1 解压进入该目录,...
转录组edgeR分析差异基因
edgeR是一个研究重复计数数据差异表达的Bioconductor软件包。一个过度离散的泊松模型被用于说明生物学可变性和技术可变性。经验贝叶斯方法被用于减轻跨转录本的过度离散程度,改进了推断的可靠性。...
CNVkit分析WGS
CNVkit一般用来分析肿瘤样本的拷贝数变异(使用配对样本或者正常样本建立参考基线的)。实际上,CNVkit也提供了全基因组胚系CNV分析的方法。 一般来说,WGS遗传样本不会做参考样本(也有会用同批...
测序那些事儿-测序技术介绍
毫无以为,基因测序技术的发明以及发展,深刻地改变了人类对生命的认知和对生物技术改造自然的进程。本文意在较为简明地展示基因测序技术相关的背景,由于属于"科普向",因此如果存在任何不严谨之处望读者见谅。 ...
免疫组库igblastn软件的使用
一:下载安装该软件 软件:NCBI提供的igblastn(linux环境) 需要自己去NCBI的ftp里面下载 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables...
R绘制ROC曲线
ROC曲线,受试者工作特征曲线 (receiver operating characteristic curve,简称ROC曲线),又称为感受性曲线(sensitivity curve)。 ROC曲线...
根据比对的bam文件来对peaks区域可视化
之前分析了好几个公共项目,拿到的peaks都很诡异,搞得我一直怀疑是不是自己分析错了。终于,功夫不负有心人,我分析了一个数据,它的peaks非常完美!!!可以证明,我的分析流程以及peaks绘图代码并...