roadmap的官网是:http://www.roadmapepigenomics.org/ 精选的129个细胞系,细胞系的介绍如下:http://www.broadinstitute.org/~an...
6种方式下载ENCODE计划的所有数据
DNA元件百科全书(Encyclopedia of DNA Elements, ENCODE)ENCODE计划的重要性我就不多说了,如果大家还不是很了解,可以直接跳到本文末尾去下载一下ENCODE教程...
用UCSC提供的Genome Browser工具来可视化customTrack
k7t9hTmRkucustomTrack,我这里翻译为自定义的测序片段示踪文件,可以追踪我们的reads到底比对到了参加基因组的什么区域,或者追踪参考基因组的各个区域的覆盖度,测序深度!翻译自:ht...
wig、bigWig和bedgraph文件详解
我们一般会熟悉sam/bam格式文件,就是把测序reads比对到参考基因组后的文件!bam或者bed格式的文件主要是为了追踪我们的reads到底比对到了参加基因组的什么区域,而UCSC规定的这几个文件...
用RevMan做meta分析
我们知道Review Manager,也就是常说的RevMan,是meta分析最经典的软件。RevMan主要对二分类变量和连续变量进行meta分析,合并两组的OR 、RR、RD以及两组的均数差和标准化...
单细胞分析之xCell
xCell简介 xCell是开发SingleR包的团队2017年推出的一款推断bulkRNA样本中细胞类型比例的R包,目前在google学术查到它有598次引用。xCell的工作原理是用机器学习算法提...
SPSS:趋势卡方检验
毕业季接近尾声,通过答辩的各位同学们即将开始新的旅程。回顾论文点滴,想必既有心酸又充满欣慰。回顾毕业生咨询论文写作得到一个启示与各位分享:论文完成的过程也是还原临床研究的过程,论文收集资料后进行统计分...
统计基本概念
本文讲述了数据分析师应当了解的五个统计基本概念:统计特征、概率分布、降维、过采样/欠采样、贝叶斯统计方法。 从高的角度来看,统计学是一种利用数学理论来进行数据分析的技术。象柱状图这种基本的可视化形式,...
对连续性变量进行分类转换的一种方法—-最大选择检验
在临床研究中我们会遇到如下问题:如果x指标的测量值是连续的,对于结局指标y来说,如何将x指标进行分类(分为两组),才能够获得y指标在两组间差异最大。 这个问题其实是一个对连续性指标x找切点的问题。很多...
SPSS统计中多重线性回归、Logistic回归及Cox回归分析的联系与区别
如何区分常见回归模型?在什么情况下,应该用什么回归模型呢? 本文将汇总三种最常用的回归模型:多重线性回归、Logistic回归、Cox回归,更直接比较它们间最基本的联系与区别。 三者联系: 它们都属于...