OS 总体生存期： Overall Survival 定义： 结局指标是死亡时间，这个死亡是任何原因导致的死亡都算进去，只关心是否死亡，不关心因为何种原因死亡。 优点 ： 能比较方便的记录，因为患者死...
WisecondorX的使用
使用WisecondorX来进行NIPT分析。 安装 可通过pip或者conda来安装WisecondorX，注意pip安装并不会同时安装依赖的R包。 通过pip安装 pip install -U g...
使用PAML软件利用密码子序列进行正选择分析
PAML软件中的codeml命令可以使用Maxmum Likelihood方法对密码子或氨基酸的多序列比对结果进行分析和进化参数计算 。这两种数据共用一个命令，程序运行时的参数绝大部分是公用的，但仍需...
深度学习：如何找到最优学习率
经过了大量炼丹的同学都知道，超参数是一个非常玄乎的东西，比如batch size，学习率等，这些东西的设定并没有什么规律和原因，论文中设定的超参数一般都是靠经验决定的。但是超参数往往又特别重要，比如学...
ROC曲线和PR曲线(Precision-Recall)的联系
在机器学习中，ROC（Receiver Operator Characteristic）曲线被广泛应用于二分类问题中来评估分类器的可信度，但是当处理一些高度不均衡的数据集时，PR曲线能表现出更多的信息...
StringTie:转录组分析软件介绍
StringTie是一个新的转录组标表达定量软件，下面是组装算法示意图 摘要 转录组项目测序往往会产生2亿多得read。我们引入了StringTie软件，他利用了最优化算法(生信科班出身的应该必修课)...
用 RAPIDS 加速单细胞基因组分析
人体由近 40 万亿个细胞组成，有许多不同类型。实验生物学的最新进展使探索单个细胞的遗传物质成为可能。随着单细胞基因组学这一新领域的诞生，科学家们现在可以探测人体内单个细胞的 DNA 和 RNA 。 ...
利用SPSS绘制统计图
1 直方图与茎叶图 直方图用于表示连续性变量的频数分布。在直方图中以各矩形(直条)的面积表示各组段的频数(或频率)，各矩形的面积总和为总频数(=1) 具体操作： (1)图形->图表构建器 (2)...
几个scRNA找高变异基因（HVGs）的方法
1. Seurat 参考：https://satijalab.org/seurat/v3.0/pbmc3k_tutorial.html 利用FindVariableFeatures函数，会计算一个me...
scRNA的3大R包对比
用法 Seurat 2.x Seurat 3.x Scater Monocle2.x Monocle3.x 创建R包要求的对象 CreateSeuratObject() 函数不变，参数取消了raw.d...