Genomics

基因组组装软件SOAPdenovo安装使用

一.下载并安装这个软件 下载地址进下面,但是下载源码安装总是很困难,我直接下载bin文件可执行程序。 解压进入目录 首先make 然后make install即可 安装总是失败,我也不知道怎么回事,懒...
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Transcriptomics

转录组edgeR分析差异基因

edgeR是一个研究重复计数数据差异表达的Bioconductor软件包。一个过度离散的泊松模型被用于说明生物学可变性和技术可变性。经验贝叶斯方法被用于减轻跨转录本的过度离散程度,改进了推断的可靠性。...
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Genomics

CNVkit分析WGS

CNVkit一般用来分析肿瘤样本的拷贝数变异(使用配对样本或者正常样本建立参考基线的)。实际上,CNVkit也提供了全基因组胚系CNV分析的方法。 一般来说,WGS遗传样本不会做参考样本(也有会用同批...
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Bioinformatics

测序那些事儿-测序技术介绍

毫无以为,基因测序技术的发明以及发展,深刻地改变了人类对生命的认知和对生物技术改造自然的进程。本文意在较为简明地展示基因测序技术相关的背景,由于属于"科普向",因此如果存在任何不严谨之处望读者见谅。 ...
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