一,下载该软件 wget http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz ta...
NCBI的taxid简单介绍
物种的信息集合都在它的NCBI的taxid号里面,在NCBI里面关于它的英文介绍地址如下 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/taxonomy/ ,NCBI人为的给自然...
基因组组装软件SOAPdenovo安装使用
一.下载并安装这个软件 下载地址进下面,但是下载源码安装总是很困难,我直接下载bin文件可执行程序。 解压进入目录 首先make 然后make install即可 安装总是失败,我也不知道怎么回事,懒...
RSeQC对RNA-seq数据质控
一:下载安装该软件 wget http://sourceforge.net/projects/rseqc/files/RSeQC-2.5.tar.gz/download tar zxvf RSeQC....
GO和KEGG富集的R包clusterProfiler
一:下载安装该R包 clusterProfiler是业界很出名的YGC写的R包,非常通俗易懂,也很好用,可以直接根据cuffdiff等找差异的软件找出的差异基因entrez ID号直接做好富集的所有内...
GO通路富集-WEGO网站使用
一,所谓的网站,其实就是一个网页版的可视化软件接口而已 看看网站主页,看看它需要什么数据 http://wego.genomics.org.cn/cgi-bin/wego/index.pl 二,所需要...
转录组-TransDecoder-对trinity结果进行注释
一:下载安装该软件 下载安装该软件: wget https://codeload.github.com/TransDecoder/TransDecoder/tar.gz/2.0.1 解压进入该目录,...
转录组edgeR分析差异基因
edgeR是一个研究重复计数数据差异表达的Bioconductor软件包。一个过度离散的泊松模型被用于说明生物学可变性和技术可变性。经验贝叶斯方法被用于减轻跨转录本的过度离散程度,改进了推断的可靠性。...
CNVkit分析WGS
CNVkit一般用来分析肿瘤样本的拷贝数变异(使用配对样本或者正常样本建立参考基线的)。实际上,CNVkit也提供了全基因组胚系CNV分析的方法。 一般来说,WGS遗传样本不会做参考样本(也有会用同批...
测序那些事儿-测序技术介绍
毫无以为,基因测序技术的发明以及发展,深刻地改变了人类对生命的认知和对生物技术改造自然的进程。本文意在较为简明地展示基因测序技术相关的背景,由于属于"科普向",因此如果存在任何不严谨之处望读者见谅。 ...