一:下载安装该软件 软件:NCBI提供的igblastn(linux环境) 需要自己去NCBI的ftp里面下载 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables...
R绘制ROC曲线
ROC曲线,受试者工作特征曲线 (receiver operating characteristic curve,简称ROC曲线),又称为感受性曲线(sensitivity curve)。 ROC曲线...
根据比对的bam文件来对peaks区域可视化
之前分析了好几个公共项目,拿到的peaks都很诡异,搞得我一直怀疑是不是自己分析错了。终于,功夫不负有心人,我分析了一个数据,它的peaks非常完美!!!可以证明,我的分析流程以及peaks绘图代码并...
4种方式下载roadmap计划的所有数据
roadmap的官网是:http://www.roadmapepigenomics.org/ 精选的129个细胞系,细胞系的介绍如下:http://www.broadinstitute.org/~an...
6种方式下载ENCODE计划的所有数据
DNA元件百科全书(Encyclopedia of DNA Elements, ENCODE)ENCODE计划的重要性我就不多说了,如果大家还不是很了解,可以直接跳到本文末尾去下载一下ENCODE教程...
用UCSC提供的Genome Browser工具来可视化customTrack
k7t9hTmRkucustomTrack,我这里翻译为自定义的测序片段示踪文件,可以追踪我们的reads到底比对到了参加基因组的什么区域,或者追踪参考基因组的各个区域的覆盖度,测序深度!翻译自:ht...
wig、bigWig和bedgraph文件详解
我们一般会熟悉sam/bam格式文件,就是把测序reads比对到参考基因组后的文件!bam或者bed格式的文件主要是为了追踪我们的reads到底比对到了参加基因组的什么区域,而UCSC规定的这几个文件...
用RevMan做meta分析
我们知道Review Manager,也就是常说的RevMan,是meta分析最经典的软件。RevMan主要对二分类变量和连续变量进行meta分析,合并两组的OR 、RR、RD以及两组的均数差和标准化...
单细胞分析之xCell
xCell简介 xCell是开发SingleR包的团队2017年推出的一款推断bulkRNA样本中细胞类型比例的R包,目前在google学术查到它有598次引用。xCell的工作原理是用机器学习算法提...
SPSS:趋势卡方检验
毕业季接近尾声,通过答辩的各位同学们即将开始新的旅程。回顾论文点滴,想必既有心酸又充满欣慰。回顾毕业生咨询论文写作得到一个启示与各位分享:论文完成的过程也是还原临床研究的过程,论文收集资料后进行统计分...