01 IPD-IMGT/HLA数据库简介 MHC是所有有颌脊椎动物基因组中的一个区域，编码免疫系统的核心成分。在人类中，它编码HLA。在HLA领域内，术语“等位基因”指的是点突变、插入和删失的组合，因...

分层回归是咋回事?是按照变量的水平数就行分割，然后进行分析嘛?其实不是，分层回归是对若干个自变量x进行分群组分析，主要用于模型的比较，或者说对变量重要性进行判定? 1、案例 某高校随机抽取600名大学...

预测模型稳定性的验证方法有哪些？在近期的咨询工作中，许多大夫想在统计分析之后做一个预测模型，以logistic回归分析为例，通常的做法是将回归模型的预测值保存后，用预测值和结果(因变量)做一个ROC(...

在学习聚类算法的过程中，学习到的聚类算法大部分都是针对n维的，针对一维数据的聚类方式较少，今天就来学习下如何给一维的数据进行聚类。 方案一：采用K-Means对一维数据聚类 Python代码如下： f...

题记：本文主要介绍生存资料处理的Fine-Gray检验与竞争风险模型，在生存资料处理中，这种方法目前应用越来越广泛。 1. 背景知识 在观察某事件是否发生时，如果该事件被其他事件阻碍，即存在所谓“竞争...

题记：本文重点讲解在生存分析中如何合理设置连续型自变量的截断值，将连续型自变量转换为二分类变量。 1. 背景知识 对于结果变量为二分类资料的数据，连续型自变量截断值的确定一般通过ROC分析，我们通常选...

1. FGAP简介 FGAP利用BLAST将contigs序列比对到基因组草图序列上，寻找重叠到gap区间的最优序列，从而进行补洞。其参考文献：Piro, Vitor C., et al. “FGAP...

1. GCE 简介 GCE(Genome Characteristics Estimation) 是华大基因用于基因组评估的软件，其参考文献为：Estimation of genomic charac...

1. WIG格式介绍 WIG格式(Wiggle Track Format)，可用于将转录组数据进行可视化展示。bigWig格式则是WIG格式的二进制方式，可以使用wigToBigWig将WIG格式转换...

1. 构建数据库的时候屏蔽参考序列的重复 segmasker 屏蔽氨基酸的低复杂序列 dustmasker 屏蔽核算序列的低复杂序列 windowmasker 按照序列重复的次数来屏蔽 convert...