在样本量的估算过程中我们经常会使用到Ⅰ类和Ⅱ类错误，Ⅰ类错误的取值往往是0.05，Ⅱ类错误的取值往往是0.1或者0.2。那么Ⅰ类和Ⅱ类错误分别代表什么意思呢?又是如果出现在了样本量的计算公式中的呢?本...

阳春三月，草长莺飞，是踏春的好日子，大家看到我们的标题图是不是如同看到了一朵美丽的花儿呢?但仔细看看此“花”非彼花，这花瓣里面怎么还藏了那么多数字呢?是的，这朵“花”其实是一类统计图，叫韦恩图(Ven...

科研工作者在发表paper的时候，如果文章中涉及高通量测序数据分析，就需要提前向NCBI上传数据获得登录号。然而，如何向NCBI提交这些序列？今天就来介绍一种重要的NCBI数据库GEO，它可用于存储测...

下载完原始数据，比对以及构建DESeqDataSet对象等一系列使用前准备完成后，我们便可以使用DESeq2进行后续的差异表达分析了。由于DESeq2的原理和内部的处理方法非常复杂，因此本文暂时不涉及...

本来是想出一期使用Monocle3进行单细胞RNA-seq数据分析的教程的，可是Monocle3我死活都装不上，不是依赖报错就是GitHub报错，所以无可奈何只能暂时先使用Monocle2，等后面Mo...

由于最近的课题需要使用单细胞数据，因此开始学习单细胞的一系列分析方法和流程，这里就记录一下使用seurat进行单细胞RNA-seq聚类分析的流程，包括一些降维的知识，函数的调用等等。降维算是一件不大不...

在分析scRNA-seq数据之前，我们必须确保所有细胞barcode均与活细胞相对应。通常基于三个QC协变量执行细胞QC（Quality control）： 每个barcode的数量 每个barcod...

单细胞转录组、蛋白组、表观组学等单细胞技术的发展为研究细胞周期、细胞分化等细胞动态过程提供了新的机会。使用轨迹推断（TI，trajectory inference）的方法可以根据测序的细胞之间表达模式...

理解ChIP-Seq 到了目前这个水平，我学习新的高通量数据分析流程时已经不再考虑代码应该如何写的问题了。我更多要去考虑一个技术的目的和意义。 转录组主要研究的问题是基因在不同情况下的差异表达以及RN...

几种常见的预测模型1.趋势外推预测方法 趋势外推预测方法是根据事物的历史和现实数据，寻求事物随时间推移而发展变化的规律，从而推测其未来状况的一种常用的预测方法。 趋势外推法的假设条件是： (1)假设事...