在机器学习中，ROC（Receiver Operator Characteristic）曲线被广泛应用于二分类问题中来评估分类器的可信度，但是当处理一些高度不均衡的数据集时，PR曲线能表现出更多的信息...

StringTie是一个新的转录组标表达定量软件，下面是组装算法示意图 摘要 转录组项目测序往往会产生2亿多得read。我们引入了StringTie软件，他利用了最优化算法(生信科班出身的应该必修课)...

人体由近 40 万亿个细胞组成，有许多不同类型。实验生物学的最新进展使探索单个细胞的遗传物质成为可能。随着单细胞基因组学这一新领域的诞生，科学家们现在可以探测人体内单个细胞的 DNA 和 RNA 。 ...

1 直方图与茎叶图 直方图用于表示连续性变量的频数分布。在直方图中以各矩形(直条)的面积表示各组段的频数(或频率)，各矩形的面积总和为总频数(=1) 具体操作： (1)图形->图表构建器 (2)...

1. Seurat 参考：https://satijalab.org/seurat/v3.0/pbmc3k_tutorial.html 利用FindVariableFeatures函数，会计算一个me...

用法 Seurat 2.x Seurat 3.x Scater Monocle2.x Monocle3.x 创建R包要求的对象 CreateSeuratObject() 函数不变，参数取消了raw.d...

在我们涉足单细胞数据分析不久之后就会发现，我们在和一套新的理念打交道。在这套理念中，对象是常见的，数据是多维的，往往是一张核心表及其附属。我们对一张表是熟悉的，Excel极大地普及了这种熟悉，但是如何...

在我们分析单细胞数据的时候，需要想象力的一点就是要理解数据结构。平时我们都是如何看数据结构的呢？ library(Seurat) library(tidyverse) pbmc<-CreateS...

前言 我们知道，细胞间信息传递方式一个是细胞表面配受体的相互作用，另一个通过细胞产生的可溶性小分子，即细胞因子。在单细胞数据分析中下游，有时候我们想看某几种细胞类型之间的相互作用，就有人推荐我们做一个...

简介 上海市生物信息学会（Shanghai Society for Bioinformatics，缩写SSBI）成立于2005年6月，是上海市科学技术协会下属的地方性学术团体，依托单位为上海生物信息技...