一项科研能否取得有价值的成果，一篇论文学术水平的高低，很大程度上得取决于实验设计的水平。周密的科研设计是科学实验过程的依据，对实验数据进行合理的统计学处理是提高科研质量的必要手段。随着现代科学的发展，...

引文 每当我使用一个新的软件/算法时（相较于组内之前的研究），导师总喜欢问我背后的原理。她可以不懂，但我必须给她讲明白。 想给一个实验背景的人，讲明白一个算法的内在逻辑，属实不易。光是一颗聚类树，我就...

一、基础知识 1. 解密表观遗传学的三个方向与测序方法 1. 探索染色质的开放性（chromatin accessibility） ATAC-seq: Assay of Transposase Acc...

1. 何时使用非参数检验 或许你还没有理解什么是参数检验、非参数检验，但一定曾在无意之中使用过它们。如我们常用的方差分析、T检验，都属于参数检验。 参数检验，就是假定数据服从某种分布，通过样本信息对总...

除了整合差异相对较小的scRNA-seq数据集外，liger也能用于整合数据差异较大、甚至研究的对象完全不同的多组学。本文将以scRNA-seq和scATAC-seq为例，展示liger多组学整合的相...

在使用liger整合单细胞RNA-seq的文章中，我提到liger的数据结构和函数调用不及seurat那么方便和个性化，因此将两者的优势结合起来能够大大便利我们的单细胞数据分析。本文主要介绍以下两种方...

因为最近的课题需要用到单细胞多组学整合分析的方法，因此我学习了一下liger这个单细胞下游分析R包，觉得它的数学原理和整合方法都挺优美的，尽管软件包中有一大堆bug和不便之处。我将写一个liger单细...

HISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者，使用改进的BWT算法，实现了更快的速度和更少的资源占用，作者推荐TopHat2/Bowti2和HISAT的用户转换到HISAT2。 官网： http...

临床研究最让人头疼或最有意思的地方在于研究对象也就是患者之间的差异，在统计上我们称之为变异。由于这些变异的存在，我们常常很难回答吃白加黑感冒3天就好的患者和吃泰诺感冒6天才好的患者的疗效差别是药物的作...

在基因组de novo组装后，为了进一步提高组装连续性经常对初步组装结果进行scaffolding。这时候可以直接利用手头已有的二代PE/MP/BAC文库测序（SSPACE）、三代单分子测序（SSPA...