一、下载及安装软件 这个软件需要edu邮箱注册才能下载，可能是仅对科研高校开放吧。所以软件地址我就不列了。 它其实是几个perl程序，比较重要的是这个人类的数据库，snp注释必须的。 参考：http:...

有网友咨询过对于没有参考基因组或者转录组的物种，如何做RNA-seq分析。我觉得这个问题太大了，而且我还真的对这个没有经验。但是我以前看到过一篇文献，里面提到过一个非常全面的转录组 de novo组装...

开发单位：华大，SOAP系列软件套装！ 功能：检测合基因 优点：在现有的各种软件里面表现算是最好的 算法：是hash index，跟其它bwt算法不太一样 官网：http://soap.genomic...

Tophat 首次被发表已经是6年前 Cufflinks也是五年前的事情了 Star的比对速度是tophat的50倍，hisat更是star的1.2倍。 stringTie的组装速度是cufflink...

软件发表在：http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/26/7/873.abstract 软件的解说ppt ：http://www.mi.fu-...

要保证当前文件夹下面有了742KO1.count等4个文件，就是用htseq对比对的bam文件进行处理后的输出文件。 library(DESeq) #加载数据 K1=read.table(“742KO...

bedtools multicov和htseq-count都可以用来对基因和转录本的表达量的计算！！！ 我们总共有四个样本，已经比对到小鼠的mm9基因组上面了，数据大小如下 然后对基因和转录本计数需要...

以前是没有想过用这个软件的，直到有一个我的htseq无法对比对的bam文件进行基因计数（后来我才发现htseq无法计数的原因是gtf版本不同导致坐标不同，而且gtf对染色体编号没有加上chr），我简单...

一：安装并加装该R包 安装就用source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”) ;biocLite(“DESeq”)即可，如果安装失败，就需要自己下载源码包，然...

取代bowtie tophat进行RNA-seq比对 HISAT全称为Hierarchical Indexing for Spliced Alignment of Transcripts，由约翰霍普金...