数据分析中常碰见多重检验问题(multiple testing).Benjamini于1995年提出一种方法,通过控制FDR(False Discovery Rate)来决定P值的域值. 假设你挑选了...

一、p-value相关 0. 单个假设检验中主要依靠p值(或统计量t)做出是否拒绝零假设H0的决定：p-value和预先设定的检验水准alpha做对比，如果p-value小于等于alpha，拒绝原假设...

生物信息学中经常使用R 来画图，而R画heatmap的功能是非常强大的。通常，我的习惯是使用gplots包中的heatmap.2函数来进行画图。不过这个函数中不能对聚类分析（clustering）到方...

DNA 甲基化是表观遗传学(Epigenetics)的重要组成部分，在维持正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育以及人类肿瘤发生中起着重要作用，是目前新的研究热点之一。 DNA 甲基化及CpG岛 DNA 甲...

在前面的《GSEA简介》中，简单介绍GSEA，以及GSEA分析调用的后台数据库MsigDB。下面简单介绍GSEA的使用。 第一步、下载GSEA软件： 下载地址：http://software.broa...

基因集富集分析 (Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)的基本思想是使用预定义的基因集（通常来自功能注释或先前实验的结果），将基因按照在两类样本中的差异表达程度排序，然...

Cytoscape 的核心是网络，简单的网络图包括节点（node）和边（edge），每个节点可以是基因、miNRA或OTU等等；节点与节点之间的连接 (edge) 代表着这些节点之间的相互作用，包括蛋...

做完microRNA芯片测序之后预测microRNA的靶基因，筛选重要的靶基因进行验证是研究中的常见套路，做出结果后写到文章Result里大致如下。 如果我是审稿人，看到这么干巴巴的一段话肯定心情烦躁...