在前面的《GSEA简介》中，简单介绍GSEA，以及GSEA分析调用的后台数据库MsigDB。下面简单介绍GSEA的使用。 第一步、下载GSEA软件： 下载地址：http://software.broa...

基因集富集分析 (Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)的基本思想是使用预定义的基因集（通常来自功能注释或先前实验的结果），将基因按照在两类样本中的差异表达程度排序，然...

Cytoscape 的核心是网络，简单的网络图包括节点（node）和边（edge），每个节点可以是基因、miNRA或OTU等等；节点与节点之间的连接 (edge) 代表着这些节点之间的相互作用，包括蛋...

做完microRNA芯片测序之后预测microRNA的靶基因，筛选重要的靶基因进行验证是研究中的常见套路，做出结果后写到文章Result里大致如下。 如果我是审稿人，看到这么干巴巴的一段话肯定心情烦躁...

linux下用awk计算fasta序列的长度 fasta序列文件data.fa >Gorai.004G111100.1 ATGGGTACTGCTCCAACCCAGTGCCCTTCTGGAATCACTG...

ggplot2包是基于Wilkinson在《Grammar of Graphics》一书中所提出的图形语法的具体实现, 这套图形语法把绘图过程归纳为data, transformation, scal...

各有关单位: 随着新一代高通量测序技术的快速发展，在准确度大大提高的前提下, 进一步降低测序成本。由此不断产生出巨量的分子生物学数据，这些数据有着数量巨大、关系复杂，以至于不利用计算机根本无法实现数据...

作者：黄宝臣 链接：https://www.zhihu.com/question/24779017/answer/38750383 来源：知乎 著作权归作者所有，转载请联系作者获得授权。 总结来说有以...

我们一般平时较为常用的检验要属有参检验，但是其要求样本必须满足近似正态，无离群点，数据量大等要求；而有些时候其实很难都满足以上前提条件，则这时需要使用无参检验，其只关注数据的秩，但是无参检验有时也无法...

ANNOVAR简介 ANNOVAR是由王凯编写的一个注释软件，可以对SNP和indel进行注释，也可以进行变异的过滤筛选。 ANNOVAR能够利用最新的数据来分析各种基因组中的遗传变异。主要包含三种不...