awk默认从STDIN接受数据，打印文本到STDOUT。 awk的默认输入和输出分隔符： FS : 输入字段分隔符，默认空格。 RS : 输入行分隔符，默认\n。 OFS : 输出字段分隔符，默认空格...
AlphaFold2与蛋白质三维结构-背景介绍
2021年7月23日，笔者的朋友圈被AlphaFold2 的新闻刷屏了。不得不说，Google再一次通过自身强大的计算资源和技术优势，让世界瞠目结舌。本文意在向各位读者介绍一下蛋白质三维结构与 Alp...
KM法生存分析（SPSS教程）
一、问题与数据 研究者对长期吸烟的人进行戒烟干预，三种干预措施分别为：① hypnotherapy programme – 催眠疗法；② nicotine patches – 尼古丁贴片；③ e-ci...
GEO数据做生存分析
一、数据下载 打开GEO，选择GSE17538 数据，然后下载MINiML。 二、格式转化 然后导入GEO_Convert.exe 工具。 导出样本信息数据和数据矩阵。 三、格式修改（可以防止踩大坑）...
fastsSructure的安装及使用介绍
本期我将介绍一下非 root 用户如何安装 Python 的包以及群体遗传结构分析常用软件 fastStructure 的安装和使用。 非 root 用户安装 Python 的包 非 root 用户安...
利用R语言四种散点密度热图
## A largish data set n <- 10000 x1 <- matrix(rnorm(n), ncol = 2) x2 <- matrix(rnorm(n, mea...
PNAS:花生A基因组测序成果揭示其地下繁殖、产油代谢等独特性状的遗传机制
由千年基因、广东省农科院、山东省农科院等单位共同启动的中国花生基因组计划取得丰硕成果，完成花生A基因组de novo测序、组装、注释及深入分析，得到花生A基因组大小约1.05Gb，并鉴定...
转录组组装工具StringTie
StringTie由约翰霍普金斯大学联合德州大学西南医学中心开发，能够组装转录本并预计表达水平。它应用网络流算法和可选的denovo组装，将复杂的数据集组装成转录本。 相对于其他拼接软件（Cuffli...
转录组差异表达分析工具Ballgown
Ballgown是分析转录组差异表达的R包。 1、软件安装： 运行R， source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("ballgown"...
样本量太大，怎么办?
在开展研究前需要通过估计样本量来确定研究中应纳入多少研究对象。而且大多数同学们肯定对样本量估计方法有一定的了解。但是，我相信大家都会有这样的无奈：计算出来的样本量太大了，臣妾做不到……怎么破? 我们都...