之前写过一篇文章Fastq-dump使用， 详细介绍了fastq-dump的用法。 虽然fastq-dump参数很多，而且一直被吐槽参数说明写的太差，但是如果真的要用起来其实也就是一行代码 fastq...

做生信的基本上都跟NCBI-SRA打过交道,尤其是fastq-dump大家肯定不陌生.NCBI的fastq-dump软件一直被大家归为目前网上文档做的最差的软件之一",而我用默认参数到现在基本也没有出...

1 低质量细胞的影响 细胞破坏后，可能会导致线粒体或核RNAs占比升高（就是上面解释的大量细胞质中mRNA流失，而线粒体或核RNAs含量基本不变），很有可能会根据这个结果形成自己的一个个cluster...

1 前言 依旧是我的传统：不🙅‍♀️翻译 并结合自己的知识尝试加入自己的理解 这次的官方教程主要介绍使用简单数据集（Lun et al. 2017）来走scRNA的分析流程。这个数据集中包含2个96孔...

什么是批次效应？ 大型的单细胞测序项目一般都会产生许多细胞，这些样本制备过程很难保持时间一致、试剂一致，另外上机测序的时候也不一定在同一个测序仪上 具体可以看这篇文章：https://www.natu...

第二个数据--CEL-seq2, GSE85241 Muraro et al. (2016) 利用CEL-seq2技术并结合UMI、ERCC得到的 https://www.ncbi.nlm.nih.g...

三组不同数据的混合 我们可以从每个数据集（也就是每个批次）中挑选前1000个生物学差异最大的基因 还记得之前是如何得到每个数据集的HVGs吗？主要利用trendVar、decomposeVar，另外存...

加载所需R包 library(ComplexHeatmap) require(circlize) # 设置工作路径 setwd("/Users/Davey/Desktop/") # 清除当前环境中的变...

ComplexHeatmap R包是Zuguang Gu编写的，也是现在文章中利用的较多的R包。这个包能实现的功能很强大，今天给大家介绍一下利用ComplexHeatmap R包中的oncoprint...