1、创建账号 如果要上传GEO数据库，首先要创建NCBI帐号， 网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/submitter/ 登录成功后，回到GEO的主页，点击 Sub...

Cellranger的结果力求与常规分析的结果格式相同，比如它生成的 barcoded BAM files 也可以放到IGV中查看比对质量 count结果一般放在out目录下，主要有summary和a...

总的来说，Cell Ranger主要的流程有：拆分数据 mkfastq、细胞定量 count、定量组合 aggr、调参reanalyze，还有一些小工具比如mkref、mkgtf、upload、sit...

首先对上次改好名称的fastq数据进行质控 # 以P2586-4为例 mkdir -p $wkd/qc cd $wkd/qc find $wkd/raw/P2586-4 -name '*R1*.gz'...

将SRA转为fastq 我们使用fastq-dump这款软件，它是sra-tool中的一个工具，使用conda安装即可 conda install -c bioconda sra-tools 关于这个...

数据来自2018年9月的NC文章Acquired cancer resistance to combination immunotherapy from transcriptional loss of...

前言 Monocle的官网在： 版本2：https://cole-trapnell-lab.github.io/monocle-release/docs/#installing-monocle 版本3...

刚看了这个算法，理解如下，放在这里，备忘，如有错误的地方，请指出，谢谢 需要做聚类的数组我们称之为【源数组】 需要一个分组个数K变量来标记需要分多少个组，这个数组我们称之为【聚类中心数组】及 一个缓存...

曼哈顿距离是由十九世纪的赫尔曼·闵可夫斯基所创词汇 ，是种使用在几何度量空间的几何学用语，用以标明两个点在标准坐标系上的绝对轴距总和。 上图中红线代表曼哈顿距离，绿色代表欧氏距离，也就是直线距离，而蓝...