在之前的3篇关于EvolView文章中已介绍过进化树的调整和注释,并重点介绍了进化树与条形图、热图、蛋白结构域的组合操作。这次为大家介绍另一种常见的组合图:进化树+点状图。 由于内容上有...
如何绘制“松针”状的进化树
在一些高分文章中,我们经常会看到一些非常漂亮的进化树,而进化树的美化往往离不开一些进化树编辑可视化工具。比如下图这篇NC文章的进化树就是由MEGA构建,之后用一款叫FigTree的小工具美化的。 &n...
蛋白亲疏水性分析工具
氨基酸的疏水性(Hydrophobicity)反映蛋白质的折叠情况,在潜在的跨膜区域会出现疏水区,并且在保持蛋白质的三级结构上(比如维持生物膜的结构)起重要作用。蛋白的亲疏水性(Hydropathic...
如何同时在一页绘制多个图表
有的时候我们需要绘制许多图表类型相似的图表,比如挑选多个基因做qPCR验证转录组数据,有时也需要绘制横轴一致的图表进行相互比较。对于下图这类堆叠图表,如果一个一个画,把做标轴的scale设成一样的,然...
RNA-seq的标准化方法
对于RNA-seq而言,由于 技术误差, 测序深度不同, 基因长度不同,为了能够比较不同的样本,比较不同的基因的表达量,以及使表达水品分布符合统计方法的基本假设,就需要对原始数据进行标准化。 对于一个...
上传测序数据到GEO
首先向大家简单介绍下GEO数据库,它是为了共享基因表达数据而建立的一个在线数据库。很多文章发表都需要上传到GEO数据库,还不赶紧学习下,(*^__^*)。 如果要上传GEO数据库,首先要建立一个NCB...