Prism也是一款比较经典好用的科研作图软件,在高分文章中经常出现它的身影,如下面的例子。它是一款从原始数据分析到图表生成“一站式”流程化的软件,例如它可通过Raw data 自动在图中生成误差线(e...
nVenn:绘制广义的准比例维恩图
今天介绍一种绘制韦恩图的新工具: nVenn:绘制广义的准比例维恩图 优势 nVenn可以通过输入包含标题,集合的数量、名称以及描述维恩图中每个区域的元素数目的文件,生成易于解释的n维维恩图的所有区域...
深度学习中的优化算法总结
深度学习中的优化问题通常指的是:寻找神经网络上的一组参数θ,它能显著地降低代价函数J(θ)。针对此类问题,研究人员提出了多种优化算法,Sebastian Ruder 在《An overview of ...
常用的模型评估指标
“没有测量,就没有科学。”这是科学家门捷列夫的名言。 在计算机科学中,特别是在机器学习的领域,对模型的测量和评估同样至关重要。只有选择与问题相匹配的评估方法,我们才能够快速的发现在模型选择和训练过程中...
单细胞分析之NicheNet
NicheNet简介 分析原理 大多数细胞通讯的分析方法主要依据公共数据库的配体-受体配对关系,以及配体、受体在细胞亚群的表达情况来推断细胞之间发生了哪些通讯关系,但是配体-受体相互作用如何导致受体细...
使用ggplot2绘制条形图
数据分析报告中经常会看见各种各样的条形图,如简单条形图、水平交错条形图、堆叠条形图、堆叠百分比条形图等,本文从R语言的角度,教大家绘制各式各样的条形图。 绘制离散单变量的条形图 从数据形式来看:有汇总...
主成分分析与因子分析在SPSS中的区别
主成分分析 基本思想: 实质上是将多个指标综合成少数几个指标的方法。 主成分分析是利用降维的方法,在确保数据信息损失最小的原则下,把多个指标转化为少数几个综合指标的一种对多变量数据进行最佳综合简化的多...
利用SPSS进行线性回归分析
文章结构 回归分析是通过建立统计模型研究变量间相关关系的密切程度、结构状态、模型预测的一种有效工具。 一元线性回归分析 一元线性回归是描述两个变量之间统计关系的最简单的回归模型。 1.数学模型 ...
ATAC-Seq分析教程:对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估(一)phantompeakqualtools
ATAC-Seq分析教程系列 ATAC-Seq分析教程:ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同 ATAC-Seq分析教程:原始数据的质控、比对和过滤 ATAC-Seq分析教程:用MAC...
使用和解释P值的“六原则”
2014年2月,美国曼荷莲学院(Mount Holyoke College)数学与统计学教授George Cobb在美国统计学会(American Statistical Associa...