今天给大家推荐一个高通量测序数据质控神器——Trimmomatic。这个于 2014 年发表在 Bioinformatics 上的软件，至今为止在 Web of Science 上可以检索到 2,09...

森林图是meta分析中hin重要又常见的元素，它以一条垂直的无效线为中心，用平行于横轴的多条线段表示每个被纳入研究的效应量和可信区间，用一个菱形描述合并的效应量及其可信区间。但，森林图具体怎么看呢?今...

前言这次学习的本体是来自剑桥大学: Vladimir Kiselev, Tallulah Andrews, Davis McCarthy and Martin Hemberg几位大佬建立的course...

1 表达式数据格式 1.1 GCT：基因簇文本文件格式（* .gct） 1.2 RES：ExpRESsion（带P和A调用）文件格式（* .res） 1.3 PCL：斯坦福cDNA文件格式（* .pc...

箱线图 箱线图是能同时反映数据统计量和整体分布，又很漂亮的展示图。在2014年的Nature Method上有2篇Correspondence论述了使用箱线图的好处和一个在线绘制箱线图的工具。就这样都...

线图 线图是反映趋势变化的一种方式，其输入数据一般也是一个矩阵。 单线图 假设有这么一个矩阵，第一列为转录起始位点及其上下游5 kb的区域，第二列为H3K27ac修饰在这些区域的丰度，想绘制一张线图展...

R基本语法 获取帮助文档，查看命令或函数的使用方法、事例或适用范围 >>> ?command >>> ??command #深度搜索或模糊搜索此命令 >>...

相关网络在生物信息学应用中得到越来越多的应用。例如，加权基因共表达网络分析是一种用于描述芯片基因间表达相关模式系统生物学方法。加权相关网络分析(WGCNA)可用于寻找高度相关基因的聚类(模块)。 相关...

大数据文摘作品 编译：寒小阳、蒋宝尚、Sheila、赖小娟、钱天培 假设你有一个包含数百个特征（变量）的数据集，却对数据所属的领域几乎没有什么了解。 你需要去识别数据中的隐藏模式，探索和分析数据集。不...

热图绘制 热图是做分析时常用的展示方式，简单、直观、清晰。可以用来显示基因在不同样品中表达的高低、表观修饰水平的高低等。任何一个数值矩阵都可以通过合适的方式用热图展示。 本篇使用R的ggplot2包实...