一、PCA简介 1. 相关背景 上完陈恩红老师的《机器学习与知识发现》和季海波老师的《矩阵代数》两门课之后，颇有体会。最近在做主成分分析和奇异值分解方面的项目，所以记录一下心得体会。 在许多领域的研究...
单细胞轨迹分析dyno使用教程
在上一期的《单细胞轨迹分析知多少--拟时间分析比较》中我们介绍了45种单细胞轨迹推断分析软件方法在以下4个方面的比较： 准确性 可扩展性 稳定性 可用性 得出了几项重要结论： 轨迹推断（TI，traj...
如何“准确分析”事后多重比较（post hoc test）
基础准备 均值比较的假设检验是数据分析最重要的分析内容之一，根据参与比较的样本数量不同，使用的假设检验方法也不同，做个简要的总结： 一个总体均值与一个常数进行比较(Z检验和T检验); 两个总体均值之...
用挑选出的“病例”和“非病例”算出的ROC曲线可靠么？
一、一起来YY小明发现最新的文献中提出了一个新的指标“神奇标记物”(x marker，xM)，通过定量测量xM，有可能能够帮助诊断疾病“x”(x disease，xD)。对于这种定量指标，当我们试图评...
应用SPSS进行重复测量数据分析
重复测量设计，即对一组或多组受试对象，在k个(k≥2)不同的时间点上，从每个人体(或样本)上重复观测同一个指标的具体取值的设计。如临床研究中，需要观察患者在不同时间的某些生理、生化或病理指标的变化趋势...
转录组的组装Stingtie和Cufflinks
首先这两款软件都是用于基于参考基因组的转录组组装，当然也可用于转录本的定量。前者于2016年的 protocol上发表的转录组流程HISAT, StringTie and Ballgown后被广泛使用...
Alignment-based的转录本定量-RSEM
我最早接触转录本的定量则是Alignment-based transcript quantification，也就是先比对后定量。我最先是在无参转录组中用了RSEM，因为无参转录组需要对reads进行...
GOplot 可视化基因富集分析结果
GOplot 包通过封装好的函数可视化基因功能分析结果 #1. 安装 > install.packages('GOplot') #2. GOplot 内置数据 ##2.1 脑和心脏内皮细胞的转录...
GO富集可视化-GOplot
GOplotGOplotGOplot GOplot使用了zscore概念，其并不是指Z-score标准化，而是用于表示参与某个GO Term下基因的上下调情况，公式：$zscore=\frac{(up...
RNA-Seq基因表达水平衡量方法
小编注：近年来RNA-Seq被广泛应用，衡量基因表达水平的方法也开始多样化，例如RPK, RPKM, FPKM, TPM等。那他们之间有什么样的区别、以及怎样换算呢。最近看到一篇不错的博客，这里与大家...