0. Calculating Receptive Field of CNN CNN特征图的两种可视化方法 感受野指的是一个特定的 CNN 特征（特征图上的某个点）在输入空间所受影响的区域。一个感受野可...
CNN中pooling层的作用
1、pooling是在卷积网络（CNN）中一般在卷积层（conv）之后使用的特征提取层，使用pooling技术将卷积层后得到的小邻域内的特征点整合得到新的特征。一方面防止无用参数增加时间复杂度，一方面...
单细胞RNA-seq数据分析最佳实践
Luecken MD, Theis FJ. Current best practices in single-cell RNA-seq analysis: a tutorial. Mol. Syst....
群体遗传学–Fst指数
群体遗传学中衡量群体间分化程度的指标有很多种，最常用的就是Fst指数。Fst指数，由F统计量演变而来。F统计量（FIS，FIF，FST）主要有三种。Fst是针对一对等位基因，如果基因座上存在复等位基因...
裕策生物科技招聘
裕策生物科技有限公司招聘启事 裕策生物是一家专注于肿瘤基因组大数据分析的公司，目标是基于机器学习算法及深度挖掘技术，对肿瘤基因组、临床大数据进行分析，开发一个以精准免疫治疗为核心的基因检测及大数据分析...
Pytorch中的gradient_accumulate_steps、warmup、lr_decay、optimizer和scheduler等问题的解答
（一）gradient_accumulate_steps 对于模型训练来说，batch_size越大，模型效果会越好。但是某些环境下，没有足够的GPU来支撑起大的batch_size，因此这时可以考虑...
HiC术语图解与分析软件汇总
序 言 接触HiC数据有一些时日了，想着总结一下关于HiC的一些特定术语以及数据分析的相关软件，做为备忘录的同时也可以方便后来的人。 先从概念开始，下面的示意图基本完美地展示了那些耳熟能详的术语所定义...
用ImageJ对条带进行定量分析
ImgaeJ是一款比较常用的科研图片分析软件，在之前已介绍过用它来进行细胞计数、不同颜色通道的荧光照片的融合和不规则区域面积的测定等（参见 拓展阅读部分）。 其实，它被广泛用于胶图条带的定量分析，如下...
R语言标记显著性标记
学术论文和杂志中最常见的是用“字母”和“星号”标记差异显著性，在之前的文章《显著性分析后如何标记“abc”？》已经介绍过如何用SPSS比较均值的结果进行“纯手动”添加字母显著性标记。嗯，方法似乎非常“...
AlphaFold2与蛋白质三维结构-参数与环境变量篇
随着 AlphaFold2 成为爆款功能预测软件之后，已经有不少极道科技的客户单位尝试运行过 AlphaFold2了。其实在上一篇使用篇的时候《AlphaFold2与蛋白质三维结构-使用方法》，我们已...