ANNOVAR简介 ANNOVAR是由王凯编写的一个注释软件，可以对SNP和indel进行注释，也可以进行变异的过滤筛选。 ANNOVAR能够利用最新的数据来分析各种基因组中的遗传变异。主要包含三种不...
annovar对人类基因组和非人类基因组variants注释流程
部分翻译：Hui Y, Kai W. Genomic variant annotation and prioritization with ANNOVAR and wANNOVAR[J]. Natur...
用annovar对snp进行注释
一、下载及安装软件 这个软件需要edu邮箱注册才能下载，可能是仅对科研高校开放吧。所以软件地址我就不列了。 它其实是几个perl程序，比较重要的是这个人类的数据库，snp注释必须的。 参考：http:...
转录组 de novo流程–包括转录本完整注释
有网友咨询过对于没有参考基因组或者转录组的物种，如何做RNA-seq分析。我觉得这个问题太大了，而且我还真的对这个没有经验。但是我以前看到过一篇文献，里面提到过一个非常全面的转录组 de novo组装...
融合基因检测软件-soapfusion
开发单位：华大，SOAP系列软件套装！ 功能：检测合基因 优点：在现有的各种软件里面表现算是最好的 算法：是hash index，跟其它bwt算法不太一样 官网：http://soap.genomic...
RNA-seq软件更新
Tophat 首次被发表已经是6年前 Cufflinks也是五年前的事情了 Star的比对速度是tophat的50倍，hisat更是star的1.2倍。 stringTie的组装速度是cufflink...
用 GMAP/GSNAP软件进行RNA-seq的alignment
软件发表在：http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/26/7/873.abstract 软件的解说ppt ：http://www.mi.fu-...
用DESeq进行差异分析的源代码
要保证当前文件夹下面有了742KO1.count等4个文件，就是用htseq对比对的bam文件进行处理后的输出文件。 library(DESeq) #加载数据 K1=read.table(“742KO...
RNA-seq流程对基因和转录本的表达量的计算
bedtools multicov和htseq-count都可以用来对基因和转录本的表达量的计算！！！ 我们总共有四个样本，已经比对到小鼠的mm9基因组上面了，数据大小如下 然后对基因和转录本计数需要...
使用Bedtools对RNA-seq进行基因计数
以前是没有想过用这个软件的，直到有一个我的htseq无法对比对的bam文件进行基因计数（后来我才发现htseq无法计数的原因是gtf版本不同导致坐标不同，而且gtf对染色体编号没有加上chr），我简单...