一：安装并加装该R包 安装就用source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”) ;biocLite(“DESeq”)即可，如果安装失败，就需要自己下载源码包，然...
RNA-seq比对软件HISAT说明书
取代bowtie tophat进行RNA-seq比对 HISAT全称为Hierarchical Indexing for Spliced Alignment of Transcripts，由约翰霍普金...
RNA-seq的比对软件star说明书
首先当然是下载软件啦！ 两个地方可以下载，一个是谷歌code中心，被墙啦，另一个是github，我的最爱。 wget https://codeload.github.com/alexdobin/STA...
转录组cufflinks套装的使用
cufflinks套装有很多，我们主要使用的只有三个 Cufflinks是用来处理tophat的输出的bam文件然后输出gtf文件 cuffmerge把多个样本的gtf文件合并的，也没啥子用，主要是测...
RPKM, FPKM, TPM区别
在RNA-Seq的分析中，对基因或转录本的read counts数目进行標准化（normalization）是一个极其重要的步骤，因为落在一个基因区域內的read counts数目取决於基因长度和测序...
rMATS差异可变剪切分析
rMATS是一款对RNA-Seq数据进行差异可变剪切分析的软件。其通过rMATS统计模型对不同样本（有生物学重复的）进行可变剪切事件的表达定量，然后以likelihood-ratio test计算P ...
t-SNE完整笔记 (附Python代码)
t-SNE(t-distributed stochastic neighbor embedding)是用于降维的一种机器学习算法，是由 Laurens van der Maaten 和 Geoffre...
相对危险度(Relative Risk)VS率比(Rate Ratio)
最近有部热播的网剧《大话西游之爱你一万年》，其中五百年前的六耳猕猴假扮孙悟空各种招摇撞骗，沾花惹草，而五百年后的至尊宝(转世孙悟空)被迫各种背锅和还情债，看的小编哭笑不得。其实在临床科研中，也有“真假...
bedtools 使用小结
概述 BEDTools是可用于genomic features的比较，相关操作及进行注释的工具。而genomic features通常使用Browser Extensible Data (BED) 或...
QTL 定位的原理
1. 连锁分析的基本原理 既然群体中产生了多样性，我们就期望将与性状相关的基因定位出来。在之前的文章中，我们提到功能基因定位的方法主要包括QTL定位（包含GWAS）和群体遗传（选择压力分析）。这里的Q...