接着上期的AlphaFold2出现《AlphaFold2与蛋白质三维结构-背景介绍》之前，针对蛋白质结构预测领域的一些成就。其实在AlphaFold2出现之前，已经有不少相对成功的算法和应用出现了，但...

在之前的3篇关于EvolView文章中已介绍过进化树的调整和注释，并重点介绍了进化树与条形图、热图、蛋白结构域的组合操作。这次为大家介绍另一种常见的组合图：进化树+点状图。   由于内容上有...

在一些高分文章中，我们经常会看到一些非常漂亮的进化树，而进化树的美化往往离不开一些进化树编辑可视化工具。比如下图这篇NC文章的进化树就是由MEGA构建，之后用一款叫FigTree的小工具美化的。 &n...

氨基酸的疏水性（Hydrophobicity）反映蛋白质的折叠情况，在潜在的跨膜区域会出现疏水区，并且在保持蛋白质的三级结构上（比如维持生物膜的结构）起重要作用。蛋白的亲疏水性（Hydropathic...

有的时候我们需要绘制许多图表类型相似的图表，比如挑选多个基因做qPCR验证转录组数据，有时也需要绘制横轴一致的图表进行相互比较。对于下图这类堆叠图表，如果一个一个画，把做标轴的scale设成一样的，然...

对于RNA-seq而言，由于 技术误差， 测序深度不同， 基因长度不同，为了能够比较不同的样本，比较不同的基因的表达量，以及使表达水品分布符合统计方法的基本假设，就需要对原始数据进行标准化。 对于一个...

首先向大家简单介绍下GEO数据库，它是为了共享基因表达数据而建立的一个在线数据库。很多文章发表都需要上传到GEO数据库，还不赶紧学习下，(*^__^*)。 如果要上传GEO数据库，首先要建立一个NCB...

1、创建账号 如果要上传GEO数据库，首先要创建NCBI帐号， 网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/submitter/ 登录成功后，回到GEO的主页，点击 Sub...

Cellranger的结果力求与常规分析的结果格式相同，比如它生成的 barcoded BAM files 也可以放到IGV中查看比对质量 count结果一般放在out目录下，主要有summary和a...

总的来说，Cell Ranger主要的流程有：拆分数据 mkfastq、细胞定量 count、定量组合 aggr、调参reanalyze，还有一些小工具比如mkref、mkgtf、upload、sit...