GATK，全称是Genome Anlysis Toolkit，顾名思义，是一套用于分析基因组的工具箱。主要功能是寻找变异位点和基因分型，但是实际上功能超多，导致初学者都不知道从何学习GATK。 最近因...

准备参考序列 注意:这一步必须在后续步骤之前运行。 通常，我们需要准备一个物种的基因组fasta文件，当然RNA和protein都是没有问题。通过prepare-refseqs.pl格式化生成的tra...

JBrowse要展示数据达到一定量级之后，如何方便管理这些track就成了一个问题，JBrowse支持三种track选择器： JBrowse/View/TrackList/Simple：已经作古的选择...

小伙伴们，大家好，今天我们来开启一个新的话题，Single cell sequence，近来单细胞测序在探索生物过程、疾病机理等方面展现了前所未有的精度，通过对单细胞进行 DNA 和 RNAseq 我...

这里的新版指的是PacBio公司在2018年9月发布pb-assembly, 而这篇文章是在2018年9月30日发的。 今年早些时候在参加三代培训时，听说PacBio会在今年对Falcon进行一些改变...

在画heatmap的时候，往往由于某种数据分析需要，需要获得聚类后的heatmap的col和row的顺序。这里展示如何从pheatmap的聚类结果中提取我们需要的信息。 这里通过产生随机数据来演示。 ...

pacbio目前有两种主流的测序平台，RSII和Sequel，后者是前者的升级版。 pacbio sequel下机是bam格式的reads文件，它和reads比对到参考基因组上生成的bam文件，内容有...

1. speedseq的安装 1.1 安装前先需安装好python （建议升级到2.7最新版2.7.13），而且需要安装pysam库(需升级到最新版，这里升级到0.11.2版本)，如果没有升级，可能在...