从埃博拉数据中Call SNPs # 从多个样品中Call SNPS # 从埃博拉项目中获取多个数据集。 # Ouch! 数据是以另一个序列作为参考来比对的。 # 那我们准备一个新的参考序列吧,没别的...
利用samtools mpileup和bcftools进行SNP calling
运行samtools faidx和pileups 前期请先阅读《序列比对工具的对比》 # 我们现在有bwa.bam和bow.bam两个文件。 # Pileup的输出。wgsim模拟器生成的低质量rea...
安装和使用SRA toolkit
# 进入你的source目录。 #*原文为cd ~/srrc,应是笔误,这里更正为: cd ~/src # 下载 SRA toolkit (确保你的下载链接对应的软件版本是跟你的系统一致的。) #*建...