系统准备 windows10： Unbuntu on windows10 微软的良心 软件准备 我的习惯： 家目录下创建src文件夹，用于存放软件包 家目录下创建biosoft文件夹，用于安装软件 为...
表达富集分析软件ABAEnrichment
以下介绍引用自 表达谱芯片数据的基因功能富集分析 刘 明 王米渠 丁维俊 综述 毕 锋 审校 基因富集分析是生物信息学分析领域的一种分析方法。常见的基因富集分析是基因功能富集分析，这种方法可以对不同层...
如何使用deeptools处理BAM数据
总体介绍 deeptools是基于Python开发的一套工具，用于处理诸如RNA-seq, ChIP-seq, MNase-seq, ATAC-seq等高通量数据。工具分为四个模块 BAM和bigWi...
序列比对工具的对比
# 下载并安装比对软件bowtie2 cd ~/src # Mac OSX上用： curl -OL http://downloads.sourceforge.net/project/bowtie-bi...
安装和使用Entrez Direct
# 安装和使用Entrez Direct软件套件 # 到home目录下。 cd # 等同于用~/ ，~/ 表示你的home目录。 cd ~/ # 创建src目录来存放这个课程里需要安装的程序。 #*你...
最新最详细的MUMmer中文使用说明
如何使用MUMmer比对大片段序列 测序技术刚开始发展的时候，大家得到的序列都是单个基因的长度，所以一般都是逐个基因的比较，用的都是BLAST或FASTA通过逐个基因联配的方式搜索数据库。但是1999...
如何从BAM文件中提取fastq
虽然高通量测序分析最常用的操作是将fastq比对到参考基因组得到BAM文件，但偶尔我们也需要提取BAM文件中特定区域中fastq。最开始我认为这是一个非常简单的操作，因为samtools其实已经提供了...
简化基因组数据分析实战
RAD-seq和GBS是什么关系 简化基因组的测序方法 RAD-Seq(restriction site-associated DNA sequencing)最开始指的是2008年发表在PLOS ON...
使用GSEA对基因表达数据做富集分析
Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) is a computational method that determines whether an a priori de...
Window安装基因集富集分析软件GSEA
基因集富集分析（Gene Set EnrichmentAnalysis, GSEA），根据名称我们就可以知道这是一种对基因进行富集的工具和方法。 其基本思想是使用预设定的基因集（通常是基因组注释信息或...