seqlogo图可以直观清晰的反应序列偏好特征,每个位置出现的碱基或氨基酸类型反映了该位置序列的偏好性,每个字母的大小与该碱基在该位置上的出现频率成正相关。这种表现方式对研究转录因子结合、RNA修饰等...
鉴定可重复的Peaks
ATAC-Seq/ChIP-Seq通常需要2个会更多的生物学重复(十分珍贵或者稀有样本除外,但必须做至少2次技术重复)。理论上重复样本的peaks应该有高度的一致性,实际情况并不完全与预期一致。如何评...
ATAC-Seq分析教程:ATAC-Seq、ChIP-Seq、RNA-Seq整合分析
ATAC-Seq分析教程系列 ATAC-Seq分析教程:ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同 ATAC-Seq分析教程:原始数据的质控、比对和过滤 ATAC-Seq分析教程:用MAC...
ATAC-Seq分析教程:差异peaks分析——DiffBind
ATAC-Seq分析教程系列 ATAC-Seq分析教程:ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同 ATAC-Seq分析教程:原始数据的质控、比对和过滤 ATAC-Seq分析教程:用MAC...
ATAC-Seq分析教程:用网页版工具做功能分析和motif分析
ATAC-Seq分析教程系列 ATAC-Seq分析教程:ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同 ATAC-Seq分析教程:原始数据的质控、比对和过滤 ATAC-Seq分析教程:用MAC...
ATAC-Seq分析教程:用ChIPseeker对peaks进行注释和可视化
ATAC-Seq分析教程系列 ATAC-Seq分析教程:ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同 ATAC-Seq分析教程:原始数据的质控、比对和过滤 ATAC-Seq分析教程:用MAC...
ATAC-Seq分析教程:重复样本的处理-IDR
ATAC-Seq分析教程系列 ATAC-Seq分析教程:ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同 ATAC-Seq分析教程:原始数据的质控、比对和过滤 ATAC-Seq分析教程:用MAC...
ATAC-Seq分析教程:对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估(二)ChIPQC
ATAC-Seq分析教程系列 ATAC-Seq分析教程:ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同 ATAC-Seq分析教程:原始数据的质控、比对和过滤 ATAC-Seq分析教程:用MAC...
ATAC-Seq分析教程:用MACS2软件call peaks
ATAC-Seq分析教程系列 ATAC-Seq分析教程:ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同 ATAC-Seq分析教程:原始数据的质控、比对和过滤 ATAC-Seq分析教程:用MAC...
深入了解tensorlow运行原理
导读:“我叫 Jacob,是谷歌 AI Residency 项目的学者。2017 年夏天我进入这个项目的时候,我自己的编程经验很丰富,对机器学习理解也很深刻,但以前我从未使用过 Tensorflow。...