一、引子————边界检测 我们来看一个最简单的例子：“边界检测（edge detection）”，假设我们有这样的一张图片，大小8×8： 图片中的数字代表该位置的像素值，我们知道，像素值越大，颜色越亮...

import torch import torch.nn as nn import torch.nn.functional as F class MultiHeadAttention(nn.Modul...

1 引言 特征提取和特征选择作为机器学习的重点内容，可以将原始数据转换为更能代表预测模型的潜在问题和特征的过程，可以通过挑选最相关的特征，提取特征和创造特征来实现。要想学习特征选择必然要了解什么是特征...

在做生物信息数据分析中，R的使用是非常普遍。利用R来做数据处理和画图几乎是家常便饭。这里跟大家分享各种R package使用手册的简要版手卡，其中包括ggplot画图、R中数据操作、机器学习等等。下面...

随着现在测序价格不断走低，转录组数据爆炸式增长，WGCNA被广泛应用于基因共表达网络分析。这里介绍一下WGCNA的全自动安装方法。 前提： 在电脑或者服务器中安装R version 3.0.0或更高的...

在解读传统的富集分析结果时，经常会有这样的疑问，一个富集到的通路下，既有上调差异基因，也有下调差异基因，那么这条通路总体的表现形式究竟是怎样呢，是被抑制还是激活？或者更直观点说，这条通路下的基因表达水...

拿到转录组数据之后，很多人最关心的恐怕就是差异基因的富集分析了，它阐明了实验中样本差异在基因功能上的体现。 但有时候，我们在设计实验的时候就已经对某些特定功能的基因集特别关注了，那么如何分析这些基因集...

1 Enrichment score（ES） ES是GSEA最初的结果，反应全部杂交data排序后，在此序列top或bottom富集的程度。 ES原理：扫描排序序列，当出现一个功能集中的gene时，增...

现在测序应用越来越广泛，各种Seq满天飞，譬如ChIP-Seq, DNase-Seq等等。在align完测序的reads后，有些位置reads多有些位置reads 少。除了本身的生物特性外是否还与其他...