在解读传统的富集分析结果时,经常会有这样的疑问,一个富集到的通路下,既有上调差异基因,也有下调差异基因,那么这条通路总体的表现形式究竟是怎样呢,是被抑制还是激活?或者更直观点说,这条通路下的基因表达水...
怎么分析关注的功能基因集在转录组结果中表现如何?
拿到转录组数据之后,很多人最关心的恐怕就是差异基因的富集分析了,它阐明了实验中样本差异在基因功能上的体现。 但有时候,我们在设计实验的时候就已经对某些特定功能的基因集特别关注了,那么如何分析这些基因集...
GSEA结果解读
1 Enrichment score(ES) ES是GSEA最初的结果,反应全部杂交data排序后,在此序列top或bottom富集的程度。 ES原理:扫描排序序列,当出现一个功能集中的gene时,增...