物种的信息集合都在它的NCBI的taxid号里面,在NCBI里面关于它的英文介绍地址如下 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/taxonomy/ ,NCBI人为的给自然...
测序那些事儿-测序技术介绍
毫无以为,基因测序技术的发明以及发展,深刻地改变了人类对生命的认知和对生物技术改造自然的进程。本文意在较为简明地展示基因测序技术相关的背景,由于属于"科普向",因此如果存在任何不严谨之处望读者见谅。 ...
免疫组库igblastn软件的使用
一:下载安装该软件 软件:NCBI提供的igblastn(linux环境) 需要自己去NCBI的ftp里面下载 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables...
4种方式下载roadmap计划的所有数据
roadmap的官网是:http://www.roadmapepigenomics.org/ 精选的129个细胞系,细胞系的介绍如下:http://www.broadinstitute.org/~an...
用UCSC提供的Genome Browser工具来可视化customTrack
k7t9hTmRkucustomTrack,我这里翻译为自定义的测序片段示踪文件,可以追踪我们的reads到底比对到了参加基因组的什么区域,或者追踪参考基因组的各个区域的覆盖度,测序深度!翻译自:ht...
wig、bigWig和bedgraph文件详解
我们一般会熟悉sam/bam格式文件,就是把测序reads比对到参考基因组后的文件!bam或者bed格式的文件主要是为了追踪我们的reads到底比对到了参加基因组的什么区域,而UCSC规定的这几个文件...
liftover基因组版本坐标转换
下载地址:http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/ 我一般是使用linux版本的:wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/ad...
结构变异检测检测软件breakdancer的安装和使用
一、安装breakdancer 1:在安装breakdancer之前必须先安装以下几个包 yum安装以下包: yum -y install perl yum install perl-ExtUtils...
cnvnator安装及使用方法简介
1、安装gcc 推荐yum安装,自己寻找依存关系,版本当在4.8以上。 2、安装root a、下载root_v6.03.04.source.tar.gz yum install git make gc...
使用eggNOG数据库进行基因功能注释
1. EggNOG数据库简介 eggNOG ( Evolutionary Genealogy of Genes: Non-supervised Orthologous Groups) 公共数据库V5....