1、创建 BioProject 号和 BioSample 号 对某一个物种进行了基因组测序，则申请 BioProject 和 BioSample 号各一个。 2、使用 tbl2asn 准备后缀为 .s...
总结：Bootstrap(自助法)，Bagging，Boosting(提升)
前言 最近在理清一些很必要的也很基础的东西，记录一下，结合网上和文献，自己也有些易化使之更轻松理解，如有错误，请不吝赐教，多谢！ Bootstrap(自助法 Bootstrap是一种抽样方法 核心思想...
如何批量下载指定的序列？
【絮语】 下载序列简单不过，无非就是联网NCBI主页，选择数据库后输入AC号或GI号后直接下载。但是如何大批量下载，而且下载的序列是指定的AC或GI的呢？实现这一目的通常办法是借助一些生物软件的检索功...
如何用SignalP预测信号肽
SignalP是目前应用最广泛的氨基酸序列信号肽在线预测工具。最新的版本是SignalP 4.1，预测方法基于多种人工神经网络算法，可预测细菌和真核生物氨基酸序列中的信号肽切割位点。 SignalP ...
生物信息分析过程中的常见文件的格式
刚接触生信分析的小白们这种尴尬的事情时有发生，为了帮助大家梳理这些剪不断理还乱的文件，本文以分析流程为主线，介绍各文件的格式以及有哪些常用命令来查看或处理它们。 1. 测序数据FASTQ文件 1）文件...
FASTQ格式解释和质量评估
FASTQ文件格式和命名 高通量测序之后用于下游分析的数据一般存储在FASTQ文件中。为了节省空间，又不影响下游使用，也一般用gzip压缩的格式。 单端测序每个文库只返回一个FASTQ文件，双端测序两...
计算OR值（odds ratio、比值比、优势比）
Odds ratio(OR)从字面上可看出，是两个odds的ratio，其用于： 在病例对照研究（case-control study）中，分析暴露风险因素与疾病（或者用药）的关联程度；主要是反映暴露...
GATK使用方法详解
一、使用GATK前须知事项： （1）对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据，而且全部是基于illumina数据格式，目前还没有提供其他格式文件（如Ion Torrent）或者实验...
预后研究与预测模型
临床研究中，对于疾病的预后研究的应用非常普遍，最负盛名如Framingham研究，开发了一系列的预测模型。本章我们就什么是医学预测模型、如何开发预测模型、如何做模型的验证，如何应用等问题做一些概要介绍...
将数据转换为正态分布
1、对数变换 即将原始数据X的对数值作为新的分布数据： X’=lgX 当原始数据中有小值及零时，亦可取X’=lg（X+1） 还可根据需要选用X’=lg（X+k）或X’=lg（k-X） 对数变换常用于（...