1. Variant Calling GATK在这一步里面提供了两个工具进行变异检测——UnifiedGenotyper和HaplotypeCaller。其中HaplotypeCaller一直还在开发...
GATK使用方法详解（初步分析）
这一步主要是对上面所得到的最终vcf中的结果进行一些初步的分析，比如计算这些变异位点在dbsnp中的比例、Ti/Tv的比例、每个样本中的snp数量……。此外，还可以对变异位点的同义/非同义突变进行统计...
GATK使用方法详解（相关参数和参考文件说明）
VariantRecalibrator参数详解 VariantRecalibrator -badLodCutoff 当LOD得分低于这个值的时候，就用于构建高斯混合模型的bad variants。默认...
GATK使用方法详解（实例：对INDEL结果进行校正）
对INDEL结果进行校正，与SNP基本一致，只不过INDEL需要使用的known resource不一样 第一步： 同SNP 多选择一些注释类型，但是不用选择tranche值,tranche值是专门为...
GATK使用方法详解（实例：对SNP结果进行校正）
第一步： java -jar GenomeAnalysisTK.jar -R hg19.fa --maxGaussians 4 -numBad 10000 (这个参数在最新的GATK版本里面已经没有了...
GATK使用方法详解（原始数据的处理）
1. 对原始下机fastq文件进行过滤和比对（mapping） 对于Illumina下机数据推荐使用bwa进行mapping。 Bwa比对步骤大致如下： （1）对参考基因组构建索引： 例子：bwa i...
使用DEXSeq分析NGS数据中的exon表达差异
对于RNA-seq，除了gene水平的差异分析外，还可以进行exon水平的差异分析。这时可以使用Bioconductor的DEXSeq软件包。 使用DEXSeq软件包，其输入为Count table。...
高效计算科学研究的十条简单规则
PLOS Computational Biology上发表了《Ten Simple Rules for Effective Computational Research》，可以看成是《Ten Simp...
tRNAscan-SE 的使用
1. tRNAscan-SE 简介 tRNAscan-SE 能在基因组水平上进行 tRNA 扫描。该软件实际上是一个 perl 脚本，整合了 tRNAscan、 EufindRNA 和 Cove 这 ...
蛋白质定量-Maxquant软件输出结果说明
之前小编在蛋白质定量—MaxQuant软件的使用这篇文章中分享了Maxquant软件的使用方法。分析完成后会产生很多的结果文件，第一次使用的同学可能会很困惑，这里再给大家介绍一下如何查看其结果文件。 ...