写在前面 文献中常用的有DREME和HOMER，这次先搞定DREME，下次再写HOMER。 使用MEME套件中的DREME，用于鉴定meRIP-Seq数据中peak的motif。motif是序列中反复...
ClueGO：无需写代码的高颜值富集分析神器
富集分析是了解一个基因集功能倾向性的一个方式，在组学研究领域应用广泛。常见的有基于差异基因的Over-representation分析，也就是常说的GO、KEGG富集分析和Functional cla...
表达富集分析软件ABAEnrichment
以下介绍引用自 表达谱芯片数据的基因功能富集分析 刘 明 王米渠 丁维俊 综述 毕 锋 审校 基因富集分析是生物信息学分析领域的一种分析方法。常见的基因富集分析是基因功能富集分析，这种方法可以对不同层...
如何使用deeptools处理BAM数据
总体介绍 deeptools是基于Python开发的一套工具，用于处理诸如RNA-seq, ChIP-seq, MNase-seq, ATAC-seq等高通量数据。工具分为四个模块 BAM和bigWi...
序列比对工具的对比
# 下载并安装比对软件bowtie2 cd ~/src # Mac OSX上用： curl -OL http://downloads.sourceforge.net/project/bowtie-bi...
安装和使用Entrez Direct
# 安装和使用Entrez Direct软件套件 # 到home目录下。 cd # 等同于用~/ ，~/ 表示你的home目录。 cd ~/ # 创建src目录来存放这个课程里需要安装的程序。 #*你...
如何从BAM文件中提取fastq
虽然高通量测序分析最常用的操作是将fastq比对到参考基因组得到BAM文件，但偶尔我们也需要提取BAM文件中特定区域中fastq。最开始我认为这是一个非常简单的操作，因为samtools其实已经提供了...
主成分分析(PCA)基本原理及分析实例
主成分分析（PCA）是一种数据降维技巧，它能将大量相关变量转化为一组很少的不相关变量，这些无关变量称为主成分。例如，使用PCA可将30个相关（很可能冗余）的环境变量转化为5个无关的成分变量，并且尽可能...
批次效应（batch effect）
一、定义 下面是大佬给出来的关于批次效应(batch effect)的定义： Batch effects are sub-groups of measurements that have qualit...
WGCNA分析使用教程
WGCNA基本概念 加权基因共表达网络分析 (WGCNA, Weighted correlation network analysis)是用来描述不同样品之间基因关联模式的系统生物学方法，可以用来鉴定...