由于连接测序仪的服务器不知道哪里抽了风，无法直接的生成fastq格式的文件，好久都无解，经过一段时间仍无法解决，所以采用曲线救国的方法，看能不能利用三方软件将bcl转换成fastq文件 google以...

    毛细管电泳原理：  

每个dNTP被聚合酶加到DNA链上时，都会放一个焦磷酸分子 焦磷酸可以被焦磷酸酶降解成一个ATP和一个AMP 荧火虫酶能够把ATP再水解，同时发出一个荧光光子 测序时，把4个dNTP轮番加入反应体系中...

这里的拷贝数变异检测芯片指的是Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 6.0 cel数据，需要处理成segment及genotype数据 这个芯片在TCGA计划里...

全基因组关联分析GWAS：Genome-Wide Association Study; 基本概念：利用分布于全基因组范围内的分子标记，基于它们与分析性状的连锁不平衡关系，通过各种统计分析方法，以获得与...

当完成测序的比对工作之后，我们得到了bam/sam文件。那么，如何得到reads的统计数据呢？ 这有很多途径： 1.读取日志文件。对于bowtie的日志，其中会包括如下的描述： 31991083 re...

1. Gblocks 简介 Gblocks用于从多序列比对结果中提取保守位点，以利于下一步的进化分析。 在线说明文档：http://molevol.cmima.csic.es/castresana/G...

htseq-count是一款用于reads计数的轻便软件，作者介绍说可以用于多种mapping软件的输出结果，而我则用于tophat2的输出文件做计数。不过貌似所有能转换为sam格式文件的输出都可以用...

1. rfam 简介 Rfam 是一个数据库，用于鉴定 non-coding RNAs。 其官网：http://rfam.sanger.ac.uk。 其参考文献：Rfam 11.0: 10 years...

1. PASA简介 PASA, acronym for Program to Assemble Spliced Alignments, is a eukaryotic genome annotatio...