AMOS是最早的比较基因组组装软件，AMOS的安装需要先安装MUMer和Qt。 $ wget http://jaist.dl.sourceforge.net/project/mummer/mummer...
samtools常用命令详解
samtools的说明文档：http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以...
COBALT:NCBI在线蛋白多序列比对
COBALT is a multiple sequence alignment tool that finds a collection of pairwise constraints derived...
使用TopHat分析RNA-Seq结果
TopHat是一个基于Bowtie的RNA-Seq数据分析工具。它可以快速确认exon-exon剪切拼接事件。TopHat有Linux和OS X x86_64编译版本，当然也可以使用原代码编译适合自己...
GO/KEGG富集分析enrichment analysis
本教程使用GOstats来对给定的基因symbols做富集分析。 [code lang="R"] > library("org.Hs.eg.db") > library...
怎样向NCBI提交基因序列
当克隆得到一个基因后，就需要对基因信息向NCBI提交，获得一个登录号，以后写文章就可以直接引用登录号，而不需要在文章中列出序列信息，这里主要介绍比较常见的提交DNA和cDNA信息。 1、打开NCBI的...
利用UCSC找序列的上下游基因
如果有一段序列，想找到其上下游基因，方法很多，发现用UCSC比较直观明了。 以下面这段人源序列为例，首先打开UCSC 的Blat界面，选择基因组为“Human”，版本选择最新的“Fed.2009(GR...
linux安装和使用NCBI剪接边界工具splign
splign是NCBI中一个比对cDNA和genome的一个工具，通过splign可以很方便的找到cDNA各个外显子。Windows下安装非常简单，下载后就可以直接用了，但linux版本下运行需要一些...
SAM文件格式介绍
在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔，从左到右分别是： 1 序列的名字 2 概括出一个合适的标记，各个数字分别代表 1 序列是一对序列中的一个 2 比对结果是一个pair-end比...
富集性分析
经常看到一些饼图，描述某些事物的组成，比如说有钱人的学历分布，然后我们可以看到高学历所占比例并不高，根据这个比例下结论通常是错的，这些比例说明不了问题，如果把各种学历在总体人口中的分布做为背景进行考虑...