现有的基因芯片种类不要太多了！ 但是重要而且常用的芯片并不多！ 一般分析芯片数据都需要把探针的ID切换成基因的ID，我一般喜欢用基因的entrez ID。一般有三种方法可以得到芯片探针与gene的对应...

在R里面实现这个功能其实非常简单，难的是很多packages经常会出现安装问题，更有的人压根不看芯片平台是什么，芯片对应的package是什么，就开始到处发问，自学能力实在是堪忧！ 我前面有写目前所有...

一、描述统计 描述统计是通过图表或数学方法，对数据资料进行整理、分析，并对数据的分布状态、数字特征和随机变量之间关系进行估计和描述的方法。描述统计分为集中趋势分析和离中趋势分析和相关分析三大部分。 集...

当测序得到的fastq文件map到基因组之后，我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件。SAM的全称是sequence alignment/map format。而BAM就是SAM的二进制文件...

一．下载该软件 http://solexaqa.sourceforge.net/index.htm 下载解压开 现在已经把它的三个功能整合到一起啦 之前是分开的程序，我主要用它的两个perl 程序，我...

string数据库是PPI领域里面最完备已经最受欢迎的数据库了。如果直接在谷歌里面搜索PPI，映入眼帘就是string的官网，它们的主页现在是html5啦，比较精美： http://string-db...

JASPAR 数据库包涵了 9 个不同的子库，其中 JASPAR CORE 数据库属于高质量，非冗余转录因子数据库，包含的信息源于已经实验证实的真核生物转录因子结合位点。可供查找的物种有脊椎动物，线虫...

昨天开始学用Cytoscape，其tutorial分为两个部分，基础的和高级 的。基础教程又分成了四课：Getting Started、Filters & Editor、Fetching Ex...

《Ten Simple Rules for Reproducible Computational Research》对做计算科学方面研究的同仁有非常好的借鉴意义，本文结合我自己的经验对其阐述。 科学研...

1. Trimmomatic Trimmomatic使用JAVA运行，速度快。同时该软件进行reads QC的原理非常好。因此，最推荐使用此软件进行NGS reads的QC。 参考文献：Lohse M...