1. GapFiller简介 组装出来的基因组草图的scaffold需要进一步进行gaps的关闭。进行这样功能的软件有：SOAPdenovo GapCloser v1.12r6; IMAGE; Gap...
OrthoMCL的使用
OrthoMCL的使用分13步进行，如下：1. 安装和配置数据库Orthomcl可以使用Oracle和Mysql数据库，而在这里只介绍使用Mysql数据库。 修改配置文件/etc/my.cnf，对My...
从零开始学CIRCOS绘制圈图(五)
这一部分承接从零开始学CIRCOS绘制圈图(四)，对之前的布局进行调整，使结构更加适合于发表。 染色体的位置顺序 默认情况下是会显示所有的染色体，而且会先从ath1到ath5,然后从aly1到aly8...
从零开始学CIRCOS绘制圈图(四)
通常circos的中间部分不是空白区域，会用一条条线进行连接，表示两个染色体部分区域有关系。 数据格式 对于link，circos要求输入数据至少有6列，分别是chr1 start1 end1 chr...
从零开始学CIRCOS绘制圈图(三)
这一篇会在之前的基础上开始在circos绘制基因密度信息。为了保证一致性，可以新建如下几个文件 circos.conf: karyotype = karyotype.tair10.txt chromo...
从零开始学Circos绘制圈图(二)
在从零开始学CIRCOS绘制圈图(一)， 我们已经绘制出一个比较丑的circos图，这一部分是讲解一些细节。 这一部分会从上一步的两个文件开始，分别是 karyotype.tair10.txt chr...
从零开始学Circos绘制圈图(一)
一般基因组文章都会有下面这种酷炫图，用来描述基因组的基因密度分布，转座子的密度分布，和其他物种或者多倍体的多套染色体间的共线性关系，以及其他各种你只要测序就能加上的信息，比如说你要是测了ATAC-se...
OrthoMCL介绍
1. OrthoMCL的用途 基于序列的相似性，OrthoMCL能将一组proteins（比如全基因组的proteins）归类到ortholog groups、in-paralogs groups和c...
本地Blast2GO安装，及其数据库更新和导入数据中断的解决方案
本文提供改进的本地化Blast2GO自动化安装脚本，以及指导如何更新数据库，并提供导入数据中断的解决方案。对无root权限的用户同样有效，同时指导如何成功运行b2g4pipe和本地Blast2GO图形...
Windows下使用HTSeq计算read count
重新开始更新我的博客。 这一周主要就在纠结怎么用HTSeq计算read count。最初尝试使用linux服务器，最后没安装成功。换过mac，还是不成功。最后只好选择在window下安装的方法。 安装...