前面刚给大家介绍了一款reads mapping的软件《MapNext:推荐一款可以用于做可变剪接mapping和SNP分析的软件》,大家有兴趣的可以试试。现在再给大家介绍一款短reads(譬如sol...
MapNext:推荐一款可以用于做可变剪接mapping和SNP分析的软件
基因组或者转录组数据的mapping中常用的软件有bwa、soap、tophat等等,其中tophat可以用于mapping存在可变剪接的reads。这里给大家介绍一款中山大学开发的一款可以用于做可变...
BLAST+:NCBI新的一套BLAST工具
BLAST+与BLAST比较 BLAST已经成为序列比对软件代名词,且其词性也已经开始变化,诸如BLASTing之类的词汇在各种论文中已是屡见不鲜,可见其影响之深,使用之广,如同分子生物学领域中的PC...
三款热门个人型测序仪比较
为了让更多的实验室能够有机会使用新一代测序技术,各大公司也争相推出了个人型测序仪。生物通近期对市场上三款热门的个人型测序仪进行了介绍,包括罗氏454的GS Junior、Life Technologi...
随机抽样一致性算法(RANSAC)
作者:王先荣 本文翻译自维基百科,英文原文地址是:http://en.wikipedia.org/wiki/ransac,如果您英语不错,建议您直接查看原文。 RANSAC是“RANdom SAmpl...
超快速序列聚类算法汇总
前段时间在Briefings in Bioinformatics上发表一篇关于超快速序列聚类分析的文章,文章原始是想列举目前可以用于meta-genome序列分析的算法,但是这列算法和工具也可以用于其...
蛋白质的结构与功能预测
一、蛋白质的结构与功能预测 蛋白质结构与功能的研究已有相当长的历史,由于其复杂性,对其结构与功能的预测不论是方法论还是基础理论方面均较复杂。统计学方法曾被成功地应用于蛋白质二级结构预测中,如Chou和...
多序列比对
多序列比对简介: 双序列比对是序列分析的基础。然而,对于构成基因家族的成组的序列来说,我们要建立多个序列之间的关系,这样才能揭示整个基因家族的特征。多序列比对在阐明一组相关序列的重要生物学模式方面起着...
基因预测软件ORF Finder使用说明
ORF Finder 是一个图形的序列分析工具,分析并找到序列的ORF区(开放读码框架),这个工具使用标准的或其它特殊的遗传密码子列出所有可能的ORF区,并推导出氨基酸序列。 在线网址:http:/...
PCR引物设计及评价
一、引物设计原则 聚合梅链式反应(polymerase chain reaction)即PCR技术,是一种在体外快速扩增特定基因或DNA 序列的方法,故又称基因的体外扩增法。PCR技术已成为分子生物学...