最近看了一下进入PLoB的网页来路分析，看到有同学搜索计算fasta序列长度。其实自己在之前的数据分析中也遇到过相关的问题，这里给大家分享两种我常用的方法。 方法一：linux下用awk计算fasta...

在现代分子进化研究中，根据现有生物基因或物种多样性来重建生物的进化史是一个非常重要的问题。一个可靠的系统发生的推断，将揭示出有关生物进化过程的顺序，有助于我们了解生物进化的历史和进化机制。 对于一个完...

原理 针对核酸序列的分析就是在核酸序列中寻找基因，找出基因的位置和功能位点的位置，以及标记已知的序列模式等过程。在此过程中，确认一段DNA序列是一个基因需要有多个证据的支持。一般而言，在重复片段频繁出...

生物信息学教程系列 第七章 7 功能基因组相关信息分析 功能基因组学是后基因组研究的核心内容，它强调发展和应用整体的（基因组水平或系统水平）实验方法分析基因组序列信息阐明基因功能，特点是采用高通量的实...

生物信息学教程系列 第六章 6 基因组序列信息分析 DNA序列自身编码特征的分析是基因组信息学研究的基础，特别是随着大规模测序的日益增加，它的每一个环节都与信息分析紧密相关。从测序仪的光密度采样与分析...

生物信息学教程系列 第五章 5 分子进化 分子进化钟的发现与中性理论的提出，极大地推动了进化尤其是分子进化研究，填补了人们对分子进化即微观进化认识上的空白，推动进化论的研究进入分子水平，并建立了一套依...

生物信息学教程系列 第四章 4 核酸与蛋白质结构和功能的预测分析 人们获得各种核酸和蛋白质序列的目的是了解这个序列在生物体中充当了怎样的角色。例如，DNA序列中重复片段、编码区、启动子、内含子/外显子...

生物信息学教程系列 第三章 3 序列比对和数据库搜索 比较是科学研究中最常见的方法，通过将研究对象相互比较来寻找对象可能具备的特性。在生物信息学研究中，比对是最常用和最经典的研究手段。 最常见的比对是...

生物信息学教程系列 第二章 2 生物信息数据库与查询 近年来大量生物学实验的数据积累，形成了当前数以百计的生物信息数据库。它们各自按一定的目标收集和整理生物学实验数据，并提供相关的数据查询、数据处理的...

生物信息学教程系列 第一章 1 概述 当前人类基因组研究已进入一个重要时期，2000年将获得人类基因组的全部序列，这是基因组研究的转折点和关键时刻，意味着人类基因组的研究将全面进入信息提取和数据分析阶...